Caret y coeficientes (glmnet)

Question

Estoy interesado en utilizar caret para hacer inferencias sobre un conjunto de datos concreto. ¿Es posible hacer lo siguiente?

1. producen los coeficientes de un modelo glmnet que entrené en caret. Me gustaría utilizar glmnet debido a la selección de características inherente ya que no creo que glm lo tenga?

2. Aparte de la métrica ROC, ¿hay alguna otra métrica que pueda utilizar para evaluar el ajuste del modelo? Por ejemplo, el ajuste $R^2$ ?

El propósito de este análisis es obtener alguna inferencia sobre los efectos de determinadas variables, más que para la predicción. Simplemente me gusta el paquete caret porque hasta ahora ha sido fácil trabajar con él usando matrices.

Answer 1

Digamos que su modelo caret se llama "modelo". Puedes acceder al modelo final de glmnet con model$finalModel . A continuación, puede llamar a coef(model$finalModel) etc. Tendrá que seleccionar un valor de lambda para el que quiera coeficientes, como por ejemplo coef(model$finalModel, model$bestTune$.lambda) .

Echa un vistazo a la summaryFunction para el parámetro trainControl función. Le permitirá especificar cualquier función que desee minimizar (o maximizar, véase el maximize argumento para train ), dado un predictor y una respuesta.

Puede ser difícil llegar a la R^2 ajustada de esta manera, pero probablemente se podría obtener la R^2 o algo similar.