Originalmente, el eV podría haber sido la unidad correcta para la energía de electrones utilizada por personas que estaban realizando experimentos con tubos catódicos. En esos experimentos, un cátodo emitía electrones si existía un sesgo cátodo-ánodo. Los múltiplos de eV son la unidad correcta si haces física de aceleradores. MeV, GeV, TeV son elegidos porque también están más cerca del orden de magnitud de las energías de electrones en esos aceleradores. Entonces, como regla general, se elige la unidad más cercana al orden de magnitud de la energía en el tipo de fenómeno físico de interés.
Por ejemplo, si haces transporte de electrones en nanoestructuras (como nanotubos de carbono) es posible que quieras usar meV para energías, nm para distancias y fs para el tiempo. Si estás interesado en la estructura de bandas de los sólidos, la mejor unidad es eV, ya que las brechas de banda en los aislantes suelen ser de unos pocos eV.
Por otro lado, si haces ingeniería y trabajas principalmente con objetos macroscópicos, trabajarás con unidades del SI.
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Por la misma razón por la que usamos UA en vez de metros en astronomía.
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Es simplemente conveniente: trabajo con fluoróforos y fotónica, y un electrón voltio es un tamaño práctico aquí: aproximadamente la energía de un fotón óptico (más precisamente, uno de longitud de onda de 1.24um). Las energías de enlace en química también son del orden de los electronvoltios.
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Por la misma razón usamos 1 año luz en lugar de 9,460,730,472,580,800 metros
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Pregunta de seguimiento: ¿por qué utilizamos TeV en lugar de µJ? 13 TeV es solo cerca de 2 µJ
:P
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No compro el argumento del orden de magnitud. Los prefijos SI existen por una razón; 1 eV = 0.16 aJ = 160 zJ, 100 eV = 16 aJ. Decir "attojulio" es tan breve o más que "electrón-voltio". La Nube de Oort está a ~15 PM de distancia, la próxima estrella a ~50 PM. La Vía Láctea tiene un diámetro de ~1 ZM. El universo observable tiene un diámetro de ~865 YM, un número no impracticablemente grande para hablar. Todo se reduce a lo que una comunidad está acostumbrada, por eso tenemos números de onda en $cm^{-1}$, longitudes en Å, etc.
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Creo que este es uno de esos casos en los que la humanidad de la ciencia se pone de manifiesto. Los humanos somos excelentes conceptualizando números pequeños: del 1 al 10 está especialmente arraigado en nosotros debido a nuestros dedos, por ejemplo. Podemos manipular cantidades arbitrariamente grandes o pequeñas intelectualmente, pero para conceptualizarlas rápidamente es más fácil escalarlas a algo en lo que podamos agarrarnos. Por eso existen unidades como ángstroms, eVs y (en una época anterior) unidades agregadas como yardas -> millas -> leguas, pintas -> galones, etc. ¡Es un experimento mental divertido imaginar cómo lo haría una especie de alienígenas de 16 dedos o 3 dedos!
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Lo que me molesta de la eV es que no se escribe como $e$V. Entonces, simplemente sería cuestión de álgebra decir $$1 e \text{V} = 1.60 \times 10^{-19}\ \text{C V} = 1.60 \times 10^{-19}\ \text J$$.
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La respuesta es simple. eV es una unidad natural. No éramos lo suficientemente avanzados al desarrollar el SI para elegir la unidad natural más básica. Qué lástima, el SI tal como está es una tradición establecida ahora. Eso es historia.