Estoy interesado en el funcionamiento el algoritmo de clustering de modularidad de Newman en un gráfico grande. Si usted puede señalarme a una biblioteca (o paquete de R, etc.) que implementa estaría muy agradecido.
mejor ~ lara
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El uso de la igraph paquete de R: http://igraph.sourceforge.net/doc/R/fastgreedy.community.html este implementa un algoritmo rápido para la comunidad la búsqueda utilizando el newman-girvan la modularidad de la maximización del método.
el código se verá así:
library(igraph)
# read graph from csv file
G<-read.graph("unipartite_edgelist.txt", format="ncol")
fgreedy<-fastgreedy.community(G,merges=TRUE, modularity=TRUE)
memberships <-community.to.membership(G, fgreedy$merges, steps=which.max(fgreedy$modularity)-1)
print(paste('Number of detected communities=',length(memberships$csize)))
# Community sizes:
print(memberships$csize)
# modularity:
max(fgreedy$modularity)
El igraph biblioteca implementa algunos de los algoritmos para la estructura de la comunidad basada en la de Newman optimización de la modularidad. Se puede consultar el manual de referencia para obtener más detalles y citas.
