En primer lugar, hay muchas categorías en las que los morfismos son funciones de cualquier tipo. Dicho esto, hay varias razones para considerar principalmente que los homomorfismos entre estructuras algebraicas son funciones y no relaciones (u otras cosas). Ilustraré sólo una. El grupo fundamental es un grupo asociado a cualquier espacio topológico $X$ con un punto base elegido $p\in X$ . A funciones continuas $(X,p)\to (Y,q)$ tal que $f(x)=y$ induce un homomorfismo de grupo entre los grupos fundamentales asociados. Los grupos fundamentales nos dicen mucho del espacio y de las posibles funciones continuas entre espacios. En este caso, la razón por la que queremos que los homomorfismos de grupo sean funciones especiales es que eso es lo que obtenemos de la construcción del grupo fundamental. La razón por la que la construcción del grupo fundamental asocia a una función continua un homomorfismo de grupo es que empezamos con un función . Entonces, puedes decir generalicemos eso también y en vez de hablar de funciones continuas $f:X\to Y$ hablemos de relaciones continuas. Aquí empiezan los problemas. Hasta cierto punto se puede hacer, pero la multivaluación realmente crea muchas dificultades (intenta incluso definir lo que debería significar para una relación ser continua). Y ni siquiera empecemos a intentar decir lo que significaría que una relación fuera diferenciable, holomórfica, etcétera.
Así que, aunque siempre se puede generalizar por generalizar, la cuestión es hasta qué punto es aplicable/relevante la teoría más general resultante a las situaciones de la vida real. En las ciencias, muchos fenómenos se modelizan mediante funciones, no mediante relaciones. Por tanto, necesitamos una buena teoría de las funciones. La teoría más general de las relaciones es (al ser una generalización) más débil, puede demostrar menos teoremas, por lo que al aplicarla a las funciones podría no dar resultados suficientemente sólidos.
Para concluir, se puede generalizar cualquier cosa, incluidas las funciones. Pero las funciones están en todas partes, así que hay que estudiarlas.