Se cree que todas las leyes conocidas de la física, incluido el principio de exclusión, son válidas en todo momento durante el colapso, hasta que la materia de la que hablas está a punto de chocar con la singularidad. ("A punto de chocar" puede significar cuando la densidad alcanza la densidad de Planck, de modo que los efectos de la gravedad cuántica se vuelven importantes, o puede ser un poco antes, si hay otra física más allá del modelo estándar que desconocemos).
Obsérvese que el hecho de que se haya formado un horizonte de sucesos y de que parte de la materia haya caído más allá del horizonte de sucesos no significa que las condiciones experimentadas por esa materia sean extremas. No tienen por qué ser extremas. El principio de equivalencia dice que las leyes de la física son siempre localmente las mismas, porque el espaciotiempo siempre puede aproximarse localmente como plano, de modo que se aplica la relatividad especial. En realidad, las condiciones en las que se forma el horizonte de sucesos se encuentran dentro del rango de condiciones (temperatura, presión) que puede describir el modelo estándar de la física de partículas.
La materia degenerada es simplemente materia en un estado en el que la presión de degeneración es significativa. En una enana blanca o una estrella de neutrones, por ejemplo, la presión de degeneración se encuentra en equilibrio con la gravedad. La materia puede comprimirse aún más sin violar el principio de exclusión. El principio de exclusión tiene esencialmente el efecto de imponer una longitud de onda máxima a cada partícula, que es aproximadamente la siguiente $\lambda \sim (V/N)^{1/3}$ donde $V$ es el volumen total y $N$ es el número de fermiones idénticos. Si $V$ se hace más pequeño, se obtiene una longitud de onda más pequeña, por lo tanto mayores momentos y mayor presión.
En las estrellas que no son lo suficientemente masivas como para formar agujeros negros, se llega a un punto en el que esta mayor presión crece lo suficiente como para que se produzca un equilibrio con la gravedad. Si la estrella es más masiva, de modo que vamos a formar un agujero negro, entonces simplemente no alcanzamos tal equilibrio. Las longitudes de onda de los fermiones simplemente se hacen muy cortas, y sus momentos muy altos, a medida que nos acercamos a la formación de la singularidad.
No intentamos decir nada sobre la singularidad en sí utilizando las leyes de la física conocidas actualmente. En la relatividad general clásica pura, la singularidad ni siquiera se considera parte del espaciotiempo.
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Tomemos primero el caso de una estrella -> estrella de neutrones. Hay suficiente presión (densidad de energía) para convertir protones en neutrones e irradiar los leptones como neutrinos. No estoy seguro de lo que sucede en un colapso a un agujero negro, pero mi conjetura es que algo similar sucede con los quarks. Buena pregunta.
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Entonces, tal vez de forma análoga a su ejemplo de $e + p \rightarrow n + \nu$ podría haber algún proceso desconocido que permita $u + d \rightarrow X$ donde $X$ es bosónico o de alguna manera libre de propagarse.
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Probablemente haya muchas otras opciones. La verdad es que no lo sé.
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