Para SVM que minimiza la función objetivo
$$\frac{1}{2}||w||^2 + C_1 \sum_{\xi_i: y_i=-1}^{l}\xi_i + C_2 \sum_{\xi_i: y_i=1}^{l}\xi_i $$
usted puede elegir constantes $C_1$ $C_2$ inversamente proporcional al tamaño de la clase. Es decir, si usted tiene $l_1$ muestras de formación de la clase 1 y $l_2$ -- en la clase 2, tome $C_1$ $C_2$ tal que $C_1/C_2$ = $l_2/l_1$. Usted puede necesitar ajuste ligeramente más tarde en sus experimentos, pero esta es una buena regla del pulgar.
Si usted está usando LIBSVM paquete, usted puede especificar $C_1$ $C_2$ el uso de banderas "-w-1" y "-w1".
P. S. acabo de darme cuenta de que se le preguntó acerca de multiclase problema. Bueno, tal vez usted va a encontrar esta respuesta útil.