Voy a recordar (como es más o menos lo indicado en el enlace que se proporciona) que para la segunda identidad
$$
\sum_{0<k\leq 2n}\left\lfloor\frac nk\right\rfloor \varphi(k)=\frac{n^2+n}2
$$
ambos lados pueden ser interpretados como el conteo de los enteros pares de $(x,y)$ satifying $0\leq x<y\leq n$ como sigue. El lado derecho cuenta con un valor fijo de $y$, dando $1+2+\cdots+n=\frac{n(n+1)}2$. El lado izquierdo (donde claramente sólo los valores de $k\leq n$ contribuir) cuenta por el valor de $k=y/\gcd(x,y)$, en otras palabras por el denominador de la fracción $x/y$ después de la reducción de la misma. Para tal $k$ hay $\phi(k)$ posibles valores de $l=x/\gcd(x,y)$ (el numerador correspondiente), y para los que recibieron $(l,k)$ el número de pares de $(x,y)$ que reducir a es igual al número de múltiplos de $k$ que${}\leq n$,$\lfloor\frac nk\rfloor$.
Ahora la identidad de la primera se puede hacer una ligera variación de este. El punto crucial es interpretar $\lfloor\frac nk+\frac12\rfloor$ como el número de impares múltiplos de $k$ que${}\leq2n$, que es fácilmente controlado. Esto nos lleva a contar de enteros pares de $(x,y)$ satifying $0\leq x<y\leq2n$ y no tanto incluso. Contando con la fijación $y$, se obtiene la combinación de los valores impares de $y$ la contribución $1+3+5+\cdots+(2n-1)=n^2$, y la combinación de los incluso los valores de $y$ la contribución $1+2+3+\cdots+n=\frac{n(n+1)}2$, en total $\frac{3n^2+n}2$ que es la mano derecha de su primera identidad. Para el lado izquierdo, el argumento es exactamente igual que antes: la reducción de par $(l,k)$ no puede tener ambos componentes, incluso, para cada $k$ da el mismo número $\phi(k)$ de reducción de los pares como antes, sin embargo, podemos tomar sólo impares múltiplos de cualquier reducción de par, dando a $\lfloor\frac nk+\frac12\rfloor\phi(k)$ contribuciones de un determinado $k$ (para este caso los valores de $n<k\leq2n$ lo aportan).
Como usted probablemente ya había observado, uno ha $\lfloor\frac nk+\frac12\rfloor-\lfloor\frac nk\rfloor=1$ si $k\in S(n)$ y la diferencia es $0$ lo contrario, que conduce fácilmente a su resultado inicial.