Este Enlace ESRI sugiere que los shapefiles, a diferencia de las geodatabases, no tienen una Tolerancia XY.
Bajo las limitaciones de la geometría:
Los Shapefiles no contienen una tolerancia XY como las clases de características de las geodatabases. La tolerancia XY es la distancia mínima entre coordenadas antes de que se consideren iguales. Esta tolerancia XY se utiliza cuando se evalúan las relaciones entre características dentro de la misma clase de características o entre varias clases de características diferentes. También se utiliza mucho al editar características. Si está realizando cualquier tipo de operación que implique la comparación entre características, como el uso de las herramientas de superposición, la herramienta de recorte, la herramienta de selección de capa por ubicación, o casi todas las herramientas que toman dos o más clases de características como entrada, debe utilizar las clases de características de la geodatabase (que tienen una tolerancia XY) en lugar de los shapefiles.