Si estoy entendiendo el problema correctamente, parece que podemos expresar todo lo que en términos de número de $X_n$ de 1s en la matriz en el paso $n$. Esto le da una forma mucho más simple de la cadena de Markov a analizar.
Deje $N = 1000$, y supongamos que en el tiempo de $n$ tenemos $k$ 1s en la matriz. Supongamos primero que $A[j_1] = 0$ (ocurre con una probabilidad de $(N-k)/N$). Lo ponemos a 1, ganando un 1 (por lo que ahora hay $k+1$ 1s). Si $A[j_2]$ $A[j_3]$ 1 (prob $((k+1)/N)^2$) o 0 (prob $((N-(k+1))/N)^2$), no más de 1s que se han obtenido. Si exactamente uno de $A[j_2], A[j_3]$ es de 1 (prob $2(k+1)(N-(k+1))/N^2$), y 1 ganado.
Del mismo modo, si $A[j_1] = 1$ (prob $k/N$) entonces obtenemos un 1 con una probabilidad de $k(N-k)/N^2$, o no más de 1s con una probabilidad de $(k^2 + (N-k)^2)/N^2$.
Para poner todo esto junto, tenemos las probabilidades de transición para $X_n$ son:
$$\begin{align*}
p(k, k) &= \frac{k(k^2 + (N-k)^2)}{N^3} \\
p(k, k+1) &= \frac{k^2(N-k) + 2 (N-k)(k+1)(N-(k+1))}{N^3} \\
p(k, k+2) &= \frac{(N-k)((k+1)^2 + ((N-(k+1))^2)}{N^3}
\end{align*}
$$
Tal vez alguien pueda comprobar que estos suman 1, como no tengo el tiempo ahora mismo. Pero esto, al menos, reducir el problema. Podría ser una mancha de la martingala solución; voy a editar si pienso en algo.