Como se ha comentado por otros y se ha explicado de forma clara y matemática, los valores propios son importantes porque a) permiten resolver la ecuación dependiente del tiempo, es decir, resolver la evolución del sistema y b) un estado que pertenece al valor propio $E$ es decir, como decimos, un estado que es un estado propio con valor propio $E$ tiene un valor de expectativa del operador de energía que es fácil ver que tiene que ser $E$ mismo. Pero esas explicaciones son avanzadas y se basan en las matemáticas. Y no explican por qué $E$ debe considerarse "un nivel de energía". Con un poco de riesgo, voy a tratar de responder a su pregunta más físicamente.
¿Cuál es la razón física por la que los estados energéticos de un sistema, por ejemplo, un átomo, son los valores propios del operador $H$ que aparece en la ecuación de Schroedinger independiente del tiempo? Bueno, en primer lugar, ten en cuenta que es absolutamente la misma $H$ que aparece en la ecuación de Schrodinger dependiente del tiempo, $$H\cdot \psi = -i{\partial \psi \over \partial t}$$ que controla la tasa de cambio de $\psi$ .
La respuesta no proviene de la mecánica clásica hamiltoniana o lagrangiana, sino de las entonces nuevas propiedades cuánticas de la Naturaleza. Una característica no clásica de la QM es que algunos estados son estacionario lo que significa que no cambian en el tiempo. Por ejemplo, el electrón en una órbita de Bohr en realidad no se mueve, no orbita en absoluto, y esto resuelve las paradojas clásicas sobre el átomo (por qué la carga en rotación no irradia su energía y cae en el centro).
El primer punto clave es que un estado propio es un estado estacionario: ¿cuál es la explicación de esto? Pues bien, la ecuación de Schroedinger dependiente del tiempo dice claramente que, hasta una constante de proporcionalidad, la tasa de cambio temporal de cualquier estado $\psi$ se encuentra aplicando el operador $H$ (el Hamiltoniano: aún no sabemos que es también el operador de energía) a él: el nuevo vector o función $H\cdot\psi$ es el cambio en $\psi$ por unidad de tiempo. Obviamente, si esto es cero, $\psi$ no cambia (esta era la única posibilidad clásica). Pero también si $H\cdot\psi$ es incluso un múltiplo no nulo de $\psi$ Llámalo $E\psi$ entonces $\psi$ Además, esta tasa de cambio sigue siendo un múltiplo de $\psi$ así que a medida que pasa el tiempo, $\psi$ cambia de forma trivial: simplemente a otro múltiplo de sí mismo. En QM, un múltiplo de la función de onda representa la mismo estado cuántico, por lo que vemos que el estado cuántico no cambia.
Ahora el siguiente punto clave es que un estado con un valor energético definido debe ser estacionario. ¿Por qué? En QM, no es automático que un sistema tenga un valor definido de una cantidad física, pero si lo tiene, eso significa que su medición siempre conduce a la misma respuesta, por lo que no hay incertidumbre. Así que si no hay incertidumbre en la energía, por el principio de incertidumbre de Heisenberg debe haber una incertidumbre infinita en otra cosa, lo que sea "conjugado" a la energía. Y eso es el tiempo. No se puede decir el tiempo usando este sistema, lo que implica que no está cambiando. Por lo tanto, es estacionario. (Recuerda que no estamos asumiendo que $H$ es también el operador de energía y no estamos asumiendo la fórmula de las expectativas).
Siendo así un estado propio de $H$ implica $\psi$ es estacionario. Y tener un valor energético definido implica que es estacionario. Siendo físicos, concluimos ahora que ser un estado propio implica tener un valor de energía definido, lo que responde a tu pregunta, y estos son los "niveles de energía" de un sistema como un átomo: un sistema, incluso un átomo, podría no poseer una energía definida, pero si no la posee, no será estacionario, y al ser microscópico, la escala de tiempo en la que evolucionará será tan rápida que es poco probable que podamos observar su energía, o incluso que nos importe (ya que no será relevante para las moléculas o la química). Por lo tanto, la "mayoría" de los átomos para los que podemos medir realmente su energía deben ser estacionarios: esta es la "razón" por la que los valores definidos de energía que puede poseer un estado estacionario se denominan "niveles de energía" del sistema, e históricamente se descubrieron primero, antes de la ecuación de Schroedingers. Desde una perspectiva humana, la mayoría de los átomos que nos interesan pasan la mayor parte del tiempo que nos importa en un estado aproximadamente estacionario.
En caso de que se pregunte por qué el tiempo es el conjugado de la energía, mientras que el análisis original de Heisenberg de su principio de incertidumbre mostraba que la posición era el conjugado del momento, nos basamos en la relatividad: el tiempo no es más que otra coordenada del espacio-tiempo, y por tanto es análogo a la posición. Y en la mecánica relativista, el momento en una dirección espacial es análogo a la energía (o masa, lo mismo). En la ecuación relativista estándar $$p^2-m^2=E^2,$$ vemos que el impulso ( $p$ ) y la masa $m$ son simétricos (excepto el signo negativo) entre sí. Así que como el momento es conjugado con la posición, $m$ o la energía debe ser conjugada con el tiempo. Por esta razón, Bohr pudo extender el análisis de Heisenberg, de las relaciones de incertidumbre entre las mediciones de posición y las mediciones de momento, para mostrar las mismas relaciones entre la energía y el tiempo.