La propia teoría de las categorías, y por tanto la teoría de los topos, puede formalizarse en la teoría de conjuntos(*). Así que, en un sentido débil, todo en la teoría de los topos está ya "en" la teoría de conjuntos. Por supuesto, la teoría de conjuntos puede formalizarse en la teoría de los topos utilizando la categoría Set y, por tanto, la teoría de conjuntos también está "en" la teoría de topos. La verdadera cuestión que importa es qué formalización es útil para un propósito concreto. Para algunos propósitos, la teoría de los topos proporciona un marco útil a las personas que la utilizan, y prefieren este marco sobre el marco equivalente en el que todo se reformula en términos de teoría de conjuntos.
El punto clave sobre la formalización en la teoría de conjuntos es que la teoría de categorías, y la teoría de topos, son sistemas axiomáticos formales, y cualquier sistema axiomático puede estudiarse utilizando la teoría de conjuntos como metateoría.
(*): Hay un problema menor de que algunas cosas en la teoría de topos pueden usar axiomas que parecen ser axiomas cardinales grandes desde el punto de vista de la teoría de conjuntos. Pero esto no es un impedimento para formalizar cosas en la teoría de conjuntos si simplemente asumimos los axiomas cardinales grandes necesarios.