Tienes razón, es el hecho de que estemos considerando la topología de unión disjunta lo que hace que no sea contable. Aunque la prueba de Asaf es muy hábil, aquí hay un argumento directo (mucho más largo).
Dejemos que $A$ sea un conjunto incontable, y sea $X_\alpha=\mathbb{R}$ para cada $\alpha\in A$ . Sea $X=\coprod_{\alpha\in A}X_\alpha$ con la topología de unión disjunta. Los conjuntos abiertos de $X$ son aquellos conjuntos de la forma $\coprod_{\alpha\in A}U_\alpha$ donde $U_\alpha\subseteq X_\alpha$ está abierto. En particular, para cualquier $\beta\in A$ , $X_\beta=\coprod_{\alpha\in A}U_\alpha$ donde $U_\beta=X_\beta$ y $U_\alpha=\emptyset$ para $\alpha\neq\beta$ es un conjunto abierto de $X$ .
Dejemos que $\mathcal{B}$ sea cualquier base de la topología en $X$ para que todo conjunto abierto $U\subseteq X$ tiene $$U=\bigcup_{\substack{B\,\in\,\mathcal{B}\\B\,\subseteq\, U}} B.$$ Obviamente, esto implica que para cualquier conjunto abierto no vacío $U$ en $X$ existe un número no vacío de $B\in\cal{B}$ tal que $B\subseteq U$ . En otras palabras, para cualquier conjunto abierto no vacío $U$ en $X$ tenemos $|Z(U)|\geq 1$ , donde $$Z(U)=\{B\in\mathcal{B}\mid B\subseteq U,B\neq\emptyset\}.$$ Porque cada $X_\alpha$ es un conjunto abierto no vacío en $X$ y $X_\alpha\cap X_\beta=\emptyset$ para cualquier $\alpha\neq\beta$ tenemos que $$Z(X_\alpha)\cap Z(X_\beta)= \{B\in\mathcal{B}\mid B\subseteq X_\alpha\cap X_\beta,B\neq\emptyset\}=\emptyset\text{ for any }\alpha\neq\beta.$$
Porque $\mathcal{B}\supseteq\bigcup_{\alpha\in A}Z(X_\alpha)$ y $Z(X_\alpha)\cap Z(X_\beta)=\emptyset$ para $\alpha\neq\beta$ tenemos $$|\mathcal{B}|\geq\sum_{\alpha\in A}|Z(U)|\geq\sum_{\alpha\in A}1=|A|,$$ Porque $A$ es incontable, $\mathcal{B}$ es incontable. Así, $X$ no es contable en segundo lugar.