He aquí un enfoque humano y libre de chanchullos.
Como el orden no puede ser de la materia, llenamos las filas superiores con 13 de cada uno en orden dando ( $-1 \times 13, 0 \times 13, 1 \times 13$ ) y las llamamos columnas-bloque A,B,C. Del mismo modo, si rellenamos la siguiente fila con ( $-1 \times 13, 1 \times 13, 0 \times 13$ ) (bloque-columna D,E,F), ya habríamos resuelto el problema por completo si se pidiera un $ (4) \times (3 \times 9) $ porque cada bloque-columna puede llenarse con el $9$ permutaciones que quedan para las dos filas restantes, mientras se satisfacen todas las condiciones automáticamente debido a nuestra elección de raíces y permutaciones que equilibran los dígitos por igual.
Pero esto ya es un buen resultado parcial, así que hacemos justo eso, excepto que dividimos D,E,F en (D,D'),(E,E'),(F,F') con D,E,F de tamaño $9$ columnas cada uno, y los otros de tamaño $13-9=4$ cada uno. Todavía tenemos que determinar cómo se llenan D',E',F'. Para evitar conflictos de negación, elegimos (para las segundas filas todavía) ( $1 \times 4, 0 \times 4, -1 \times 4$ ).
Hemos terminado si llenamos las dos últimas filas de D',E',F'. Se garantiza que E' está libre de conflictos (excepto $(0,0,0,0)$ ), por lo que lo utilizamos como "recolector de restos". En el caso de D',F', al ser sus raíces negativas, simplemente decidimos que el resto de las dos columnas sean iguales, y esto sí es posible. Necesitamos que cada fila utilice cuatro de cada dígito (para sumar $13$ ). Así que dividimos $-1$ dos para cada uno de D' y F', entonces tomamos una $0$ para cada uno y uno $1$ para cada uno, poniendo el resto en E'. Ya hemos terminado.
El resultado es el siguiente:
(Aunque probablemente esto no se generalice fácilmente).
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Apéndice
Se me ocurrió este procedimiento general. Es muy aburrido y no es realmente elegante; pero se puede utilizar para generalizar la solución.
El enfoque es generar todas las permutaciones (no es mucho pedir, ya que necesitaremos la mitad de ellas de todos modos) en un orden específico. Normalmente generaría las permutaciones en un orden ascendente como este: $$ \pmatrix{-1 \cr -1 \cr -1 \cr -1},\pmatrix{-1 \cr -1 \cr -1 \cr 0},\pmatrix{-1 \cr -1 \cr -1 \cr 1},\pmatrix{-1 \cr -1 \cr 0 \cr -1},\pmatrix{-1 \cr -1 \cr 0 \cr 0},...\pmatrix{1 \cr 1 \cr 1 \cr 1}$$ En este caso, es mejor "intercalar el principio y el final", de modo que cada columna tenga su negativo justo después. Esto sucede automáticamente si procedemos como arriba, pero después de cada columna, añadimos su negativo. $$ \pmatrix{-1 \cr -1 \cr -1 \cr -1},\pmatrix{1 \cr 1 \cr 1 \cr 1},\pmatrix{-1 \cr -1 \cr -1 \cr 0},\pmatrix{1 \cr 1 \cr 1 \cr 0},\pmatrix{-1 \cr -1 \cr -1 \cr 1},\pmatrix{1 \cr 1 \cr 1 \cr -1},...\pmatrix{0 \cr 0 \cr 0 \cr 0}$$ La tarea queda entonces clara: de cada par tenemos que elegir sólo uno hasta llenar la matriz. Para ello, respetando la "restricción de 13 en una fila", simplemente llevamos la cuenta de cuántas opciones permitidas quedan para cada dígito en cada fila, lo que requiere $12=4 \times 3$ números a seguir. El proceso siempre funcionará, nunca tendremos que retroceder y nos aburriremos mucho.
Pero esto al menos permite generalizar la solución: funciona para cualquier matriz de tamaño $(n \times (floor(\dfrac {3^{n-1}} {2}) \times 3)) $ con el $13$ de la condición 4) sustituido por $floor(\dfrac {3^{n-1}} {2})$ .