¿Cómo puedo saber que partes de este ejemplo de la droga son partes necesarias de su farmacóforo?

Question

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$\hspace{10mm}$_{(Click en la imagen para ampliarla)}

Esta imagen identifica un medicamento genérico-un complejo de enzimas tomado de un examen de la secuencia de comandos. No hay un nombre dado. Una parte de la pregunta de examen de los estados:

Proponer una estructura a base de farmacóforo para la familia de medicamentos a la que éste pertenece.

Entiendo que un farmacóforo es la estructura mínima requerida para ejercer una determinada actividad biológica. Por lo tanto, mi respuesta sería algo como lo siguiente:

Necesitaríamos una droga similar estérico conformidades para llenar todo el sitio activo (inhibición competitiva) y que tiene alguna forma de interacción en los extremos que lo mantiene en su lugar, por ejemplo, $\pi-\pi$ apilamiento con Phe grupos o-H de los bonos y de las interacciones electrostáticas con Arg.

Pero que en el párrafo anterior ser una respuesta viable? Sería este medicamento funciona igual de bien, si no tenía la $\pi-\pi$ apilamiento con la Phe grupos, por ejemplo? Son las interacciones entre el fármaco y el Lys y residuos Glu prescindible - tal vez esa región de la droga es su longitud?

Answer 1

A partir de esto? Usted no puede. Usted necesita más información. Ejemplos:

• ¿Conoces otros fármacos de esta familia? Que las características químicas qué tienen en común? Las interacciones mediadas por estas características probablemente importante entonces.

• ¿Sabe usted cómo la droga se supone que la función (que mencionar la inhibición competitiva)? ¿Qué hace el sustrato natural, y cuáles son las similitudes y diferencias con su ejemplo de la droga?

Si usted sabe que sólo la figura que se muestra arriba, se les pidió identificar electrónicos y estéricos características de la droga, que, posiblemente, puede interactuar con los residuos de aminoácidos en el sitio activo se muestra. En este caso, todos los residuos de aminoácidos son capaces de interacción favorable con una parte de el ejemplo de la droga, por lo que me gustaría mencionar que las interacciones están presentes.

Hay muchas buenas interacciones iónicas/H-bond interacciones, que son cualitativamente el más fuerte.

Una posibilidad es que es estéricamente desfavorable para la mermelada de algo en el bolsillo hidrofóbico, pero la rentabilidad es, que esto es lo que se estabiliza a un determinado (activo o inactivo) la conformación de la proteína, y el iónico/H-bond interacciones sólo sirven para aumentar la afinidad de unión / a para mantener el medicamento en el lugar.

Otra posibilidad es que la interacción con el bolsillo hidrofóbico sólo aumenta la afinidad de unión. La droga luego pueden compartir el mismo de interacciones iónicas como el sustrato real, pero colocado de manera diferente en el espacio, por lo que no inducir el mismo cambio de conformación como el sustrato natural.

El punto es que, sin saber lo que la acción de la droga es, y un poco de conocimiento acerca de otros medicamentos de la misma familia o el ligando natural/sustrato, nada más allá de un listado de las interacciones que se pueden observar entre los residuos de aminoácidos de la muestra, y las características químicas de la droga en realidad sólo se adivina el trabajo :-).