Deje $a,b,c$ a los lados de un triángulo de pitágoras con la correlativa ángulos $\alpha$ y $\beta$ ($\gamma$ siempre es $\frac{\pi}{2}$). Se sabe, por trascendental de la teoría de números, que $\sin\space x$ $\cos\space x$ son trascendentales al $x\ne 0$ es algebraico. En consecuencia, $\alpha$ $\beta$ son necesariamente trascendental debido a que $\sin\space \alpha=\frac{a}{c}$$\sin\space \beta=\frac{b}{c}$.
Además de $\alpha + \beta= \frac{\pi}{2}$, pero esto no significa necesariamente que $\alpha$ $\beta$ son fracciones racionales de $\pi$.
Su pregunta es muy interesante. Yo creo que lo más probablemente, con excepción de $(\alpha, \beta)$=$(\frac {\pi}{3},\frac{\pi}{6})$ es que$(\alpha, \beta)$= $(\frac{\pi}{2}-h,\frac {\pi}{2}+h)$ para algunos "perturbado" $h$.
Voy a tratar de conseguir una mejor respuesta.
NOTA.-El triángulo con ángulos de 90, 60 y 30 grados no es de Pitágoras. Hay por lo tanto ninguna excepción de pitágoras para los triángulos. Y sólo hay una excepción para los triángulos rectángulos, de acuerdo a la Niven del Teorema citado en otra respuesta aquí por @Lucian.