Como usted ha observado usted, $\mathbb{R}$, el conjunto de los números reales, es incontable, pero cada recursivamente enumerable conjunto es necesariamente contables. Esto implica inmediatamente que existen uncomputable los números reales. El mismo argumento muestra que hay (formalmente) indescriptible números reales. De hecho, casi todos los números reales son indescriptibles, y a fortiori, uncomputable. No hay nada de malo en esto, aunque puede ser perturbador.
Hacer uncomputable/indescriptible números reales "existe"? Bueno, esa es una pregunta filosófica. Un Platónico podría decir que existen, aunque no tenemos forma de nombrar específicamente a ellos. Un finitist podría decir que no existe, precisamente porque tenemos ningún algoritmo para calcular o incluso reconocer a dicho número.
Afecta esto a la forma de hacer matemáticas? De verdad que no. Entonces, ¿qué si la gran mayoría de los números reales son uncomputable? Por lo general, nos lidiar con el genérico de los números reales, no específicos. Por ejemplo, el hecho de que todos los no-cero número real $x$ tiene una inversa no depende de la computabilidad propiedades de $x$.