Tengo algo de AP de estructuras de moléculas pequeñas con falta de átomos de hidrógeno. Hay un software que pone a falta de átomos de hidrógeno y asigna un cargo a la molécula que es confiable? Estoy buscando una herramienta automática que devuelve un AP con el agregado de átomos de hidrógeno y la carga global (que puedo hacer algo de programación si tengo que combinar la salida de varios programas para lograr esto o algo).
Es suficiente para mí si usted sugerir un par de herramientas GRATUITAS (no tengo los recursos para comprar una licencia comercial, pero yo soy académico, en caso de que la oferta académica gratis licencias), con los correspondientes documentos que evaluar su desempeño que puedo citar. Por ejemplo, una herramienta gratuita que calcula los valores de pKa de los grupos ionizables iba a solucionar mi problema, si usted también puede sugerir una herramienta que detecta automáticamente los grupos ionizables en las moléculas.
He utilizado Avogadro para añadir átomos de hidrógeno (aunque no sé cómo calcular la carga con él), pero he encontrado que algunos de los átomos de hidrógeno no están bien colocados. Existe una mejor herramienta disponible para esta tarea?
