¿Alguien sabe de algún bien escrito (en Matlab o R) para el salto reversible de la MCMC? Preferiblemente una simple aplicación de demostración para complementar publicados sobre el tema, que podrían ser útiles en la comprensión del proceso.
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RJMCMC fue introducido por Peter Green en 1995 de papel que es una cita clásica. Él escribió un programa Fortran llamado AutoRJ automático RJMCMC; a su página en este enlaces a David Hastie C del programa de Automezcla. Hay una lista de software libre disponible para varios RJMCMC algoritmos en la Tabla 1, de 2005 el papel de Scott Sisson. Una búsqueda de Google también encuentra algunos pseudocódigo de un grupo en la Universidad de Glasgow, que puede ser útil en la comprensión de los principios, si es que usted desea programar usted mismo.
Eggs McLaren
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945
El libro Análisis Bayesiano para la Ecología de la Población por King et al. describe RJMCMC en el contexto de la ecología de la población. He encontrado la descripción muy clara y que proporcionan el código R en el apéndice.
El libro también tiene asociada una página web, pero algunos de los código que se encuentra en el libro no está en la web.
John
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36
Sólo añadir un detalle a @único de la respuesta: me parece que el C del software publicado por Olivier Cappé (CT/RJ MCMC) es muy útil para entender el salto Reversible algoritmo MCMC (en particular, cómo el diseño de las probabilidades para el nacimiento a la muerte y split-merge se mueve). El enlace al código fuente es: http://perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Código/CTRJ_mix/Sobre/
Jack O'Brien
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1
Jailin Ai da una bastante buena presentación de RJ MCMC juntos (aunque hews muy cerca del Green del original en papel) con el operador de código R como parte de su tesis de maestría en Leeds. También da un ejemplo detallado de cambio de punto de problemas, que también están incluidos en Verde, de 1995, de papel.
Encontrar la tesis y el código aquí:
