La comprensión de cómo esta reacción se realiza en el laboratorio es la clave para responder a tu pregunta.
Normalmente en la síntesis de éster malónico, un completo equivalente (o 2 equivalentes si usted está llevando a cabo un dialkylation) de la base que se utiliza, así que poca, si alguna, ester se queda con el $\ce{\alpha}$-protón todavía en su lugar.
(fuente de la imagen)
También, tenga en cuenta que tanto la alquilación y de Claisen reacción tiene una energía de activación. Esto significa que por lo general es necesario para calentar la solución a traer acerca de la reacción (ver aquí para un laboratorio de ejemplo).
La reacción se lleva a cabo por primera formación de la desprotonados metiliden éster a temperatura ambiente y luego gotea en un reflujo de la solución de la agente alquilante ($\ce{RX}$ en el diagrama de arriba). Este procedimiento consigue los siguientes:
- la concentración de no-desprotonados éster es muy baja
- desprotonados éster formado a temperatura ambiente, por lo que incluso si alguno no desprotonados éster sigue siendo que no hay suficiente energía (a temperatura ambiente) de hacer en la barrera de energía para reaccionar
- el desprotonados éster es vertida en la solución de reflujo agente alquilante; por lo tanto, ahora que no hay suficiente energía térmica para traer acerca de la reacción, la concentración relativa de agente alquilante (la totalidad de la solución) es mucho mayor que la concentración relativa de desprotonados éster (se añade gota a gota) haciendo que la deseada reacción de alquilación mucho más probable que la reacción de desprotonados éster con protonada éster (que, por las razones explicadas anteriormente, se encuentra en muy baja concentración en cualquier caso).