(Esta es una expansión de mi anterior comentario.)
Considere la función
$$f_c(x)=\frac{x}{\sqrt 2}-\frac1{\sqrt 2}\arctan\left(\frac{\sin\,2x}{3+2\sqrt{2}+\cos\,2x}\right)$$
Se puede comprobar que la derivada de $f_c(x)$$\dfrac1{1+\cos^2 x}$. La relevancia de esta función es que $f_c(x)$, a diferencia de la función de $f(x)=\dfrac1{\sqrt 2}\arctan\left(\dfrac{\tan\,x}{\sqrt 2}\right)$ dado en el OP, no tiene discontinuidades en el intervalo de integración $[0,2\pi]$:
Por lo tanto,
$$\int_0^{2\pi}\frac{\mathrm dx}{1+\cos^2 x}=\left.\frac{x}{\sqrt 2}-\frac1{\sqrt 2}\arctan\left(\frac{\sin\,2x}{3+2\sqrt{2}+\cos\,2x}\right)\right|_0^{2\pi}=\pi\sqrt 2$$
Uno se pregunta cómo las dos funciones se $f(x)$ $f_c(x)$ podría parecer tan diferentes y, sin embargo, tienen la misma derivada. Una parcela de $f_c(x)-f(x)$ muestra la diferencia:
Aquí, podemos ver que las dos funciones se diferencian no por una constante, pero por un seccionalmente constante de la función (es decir, una función de paso). De hecho, el Teorema Fundamental del Cálculo puede estar indicado un poco más general de lo que es habitual en los libros de texto. Para citar Oleksandr Pavlyk la entrada en el blog sobre este tema,
Cada cálculo estudiante sabe que antiderivatives puede contener una constante aditiva arbitraria. Pero en realidad, hay más a la arbitrariedad de que: uno puede agregar diferentes constantes en diferentes partes del intervalo.
Como ya se ha mencionado en las respuestas anteriores, el problema radica en el uso de la sustitución de Weierstrass; el origen del problema, en pocas palabras, es que la sustitución se utiliza la función pasa a ser discontinua en el intervalo de integración. Por lo tanto, para evaluar correctamente definido las integrales de funciones racionales de seno y coseno, uno tiene que ser cuidadoso en el uso de la sustitución de Weierstrass, y debe prestar atención a la conducta cerca de las singularidades.
Jeffrey y Ricos, en su papel, a discutir los métodos de álgebra computacional sistemas para hacer frente a este particular, la debilidad de la sustitución de Weierstrass.
En aras de la exhaustividad, he aquí una fórmula general para una antiderivada de $\dfrac1{p+q\cos^2 x}$ que es continuo a través de la línea real:
$$\int\frac{\mathrm dx}{p+q\cos^2 x}=\frac1{\sqrt{p(p+q)}}\left(x-\arctan\left(\frac{q\sin\,2x}{2p+q+2\sqrt{p(p+q)}+q\cos\,2x}\right)\right)$$