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Es Sabio en el mismo nivel como Mathematica o Matlab para la teoría de grafos y el gráfico de visualización?

El contexto:

Voy a empezar a trabajar en un proyecto que involucra la ejecución de algoritmos predefinidos (y definir mi propio) para muy grandes gráficos (miles de nodos). La visualización también sería bienvenida si es posible.

Este es un proyecto de investigación y el objetivo es producir un prototipo que genera/asas biológica de las redes de la reacción.

También, me gustaría que se adhieren a este tipo de plataformas con "todo menos el fregadero" para la computación científica. La razón es, que los vamos a necesitar a otras características, como la diferenciación (simbólico y numérico) durante el proyecto.

La pregunta:

Así que mi pregunta es, qué tan completa es sabio para la teoría de grafos algoritmos, cuando se compara con Mathematica (Combinatorica) y Matlab.

42voto

Andrew Bolster Puntos 111

Prueba a preguntar en http://ask.sagemath.org/questions/

De hecho, ya hay una pregunta general preguntado acerca de Sage en comparación con otros software, y la respuesta, dijo, "Si usted está haciendo la teoría de grafos o graves de la teoría de números, usted no debería ser la pregunta de cual de los paquetes para su uso". Es decir, si usted está haciendo la teoría de grafos, o graves de la teoría de números, Sage es el ganador por el momento. Esta fue la comparación de Sage para todos los demás sistemas de álgebra computacional. Así que, creo que la respuesta es la Salvia es la mejor teoría de grafos programa que existe. Y, está mejorando todo el tiempo.

http://ask.sagemath.org/question/1010/reliability-of-sage-vs-commercial-software

Sage combina muchas abrir origen de la teoría de grafos herramientas que existen (nauty generador, networkx que contiene toneladas de cosas por sí mismo, cliquer, y más) y también todas las cosas que han sido programados por el Sabio de los desarrolladores. Y, si hay algo que usted quiere ser capaz de hacer que ya no está programado, se puede programar en Python (o si usted necesita para ser realmente rápido, en cython).

Tan lejos como la visualización, sí, Salvia gráficos son muy buenos gráficos. Si usted guardarlos en un archivo PDF, usted puede ampliar tanto como usted desea (no estoy exagerando) y que todavía estará limpio de gráficos. Y, no es un editor gráfico que permite dibujar gráficos y mover los vértices y agregar vértices y aristas, y cosas como esa. Por no mencionar, hay muchos construidos en los gráficos.

Ah, y por cierto, si Mathematica (o uno de muchos otros programas) está instalado en el mismo equipo como la Salvia, puede utilizar las funciones de los otros programas y obtener los resultados en Sage.

Aquí un tutorial de vídeo sobre la teoría de grafos (segundo vídeo de arriba). Se da un gran nivel de detalle, e incluye toda la información en gráficos tales como el ahorro de los archivos pdf y utilizar el editor de gráficos para hacer un bonito aspecto de los gráficos.

http://www.sagemath.org/help-video.html

Aquí un tutorial rápido sobre la teoría de grafos en Sage:

http://steinertriples.fr/ncohen/tut/Graphs/

Aquí están las funciones disponibles:

    g.add_cycle
    g.add_edge
    g.add_edges
    g.add_path
    g.add_vertex
    g.add_vertices
    g.adjacency_matrix
    g.all_paths
    g.allow_loops
    g.allow_multiple_edges
    g.allows_loops
    g.allows_multiple_edges
    g.am
    g.antisymmetric
    g.automorphism_group
    g.average_degree
    g.average_distance
    g.bipartite_color
    g.bipartite_sets
    g.blocks_and_cut_vertices
    g.bounded_outdegree_orientation
    g.breadth_first_search
    g.canonical_label
    g.cartesian_product
    g.categorical_product
    g.category
    g.center
    g.centrality_betweenness
    g.centrality_closeness
    g.centrality_degree
    g.characteristic_polynomial
    g.charpoly
    g.check_embedding_validity
    g.check_pos_validity
    g.chromatic_number
    g.chromatic_polynomial
    g.clear
    g.clique_complex
    g.clique_maximum
    g.clique_number
    g.cliques
    g.cliques_containing_vertex
    g.cliques_get_clique_bipartite
    g.cliques_get_max_clique_graph
    g.cliques_maximal
    g.cliques_maximum
    g.cliques_number_of
    g.cliques_vertex_clique_number
    g.cluster_transitivity
    g.cluster_triangles
    g.clustering_average
    g.clustering_coeff
    g.coarsest_equitable_refinement
    g.coloring
    g.complement
    g.connected_component_containing_vertex
    g.connected_components
    g.connected_components_number
    g.connected_components_subgraphs
    g.convexity_properties
    g.copy
    g.cores
    g.cycle_basis
    g.db
    g.degree
    g.degree_constrained_subgraph
    g.degree_histogram
    g.degree_iterator
    g.degree_sequence
    g.degree_to_cell
    g.delete_edge
    g.delete_edges
    g.delete_multiedge
    g.delete_vertex
    g.delete_vertices
    g.density
    g.depth_first_search
    g.diameter
    g.disjoint_routed_paths
    g.disjoint_union
    g.disjunctive_product
    g.distance
    g.distance_all_pairs
    g.distance_graph
    g.dominating_set
    g.dump
    g.dumps
    g.eccentricity
    g.edge_boundary
    g.edge_connectivity
    g.edge_cut
    g.edge_disjoint_paths
    g.edge_disjoint_spanning_trees
    g.edge_iterator
    g.edge_label
    g.edge_labels
    g.edges
    g.edges_incident
    g.eigenspaces
    g.eigenvectors
    g.eulerian_circuit
    g.eulerian_orientation
    g.flow
    g.fractional_chromatic_index
    g.genus
    g.get_boundary
    g.get_embedding
    g.get_pos
    g.get_vertex
    g.get_vertices
    g.girth
    g.gomory_hu_tree
    g.graph6_string
    g.graphics_array_defaults
    g.graphplot
    g.graphviz_string
    g.graphviz_to_file_named
    g.hamiltonian_cycle
    g.has_edge
    g.has_loops
    g.has_multiple_edges
    g.has_vertex
    g.incidence_matrix
    g.independent_set
    g.independent_set_of_representatives
    g.interior_paths
    g.is_bipartite
    g.is_chordal
    g.is_circular_planar
    g.is_clique
    g.is_connected
    g.is_directed
    g.is_drawn_free_of_edge_crossings
    g.is_equitable
    g.is_eulerian
    g.is_even_hole_free
    g.is_forest
    g.is_gallai_tree
    g.is_hamiltonian
    g.is_independent_set
    g.is_interval
    g.is_isomorphic
    g.is_line_graph
    g.is_odd_hole_free
    g.is_overfull
    g.is_perfect
    g.is_planar
    g.is_prime
    g.is_regular
    g.is_split
    g.is_subgraph
    g.is_transitively_reduced
    g.is_tree
    g.is_triangle_free
    g.is_vertex_transitive
    g.kirchhoff_matrix
    g.laplacian_matrix
    g.latex_options
    g.layout
    g.layout_circular
    g.layout_default
    g.layout_extend_randomly
    g.layout_graphviz
    g.layout_planar
    g.layout_ranked
    g.layout_spring
    g.layout_tree
    g.lex_BFS
    g.lexicographic_product
    g.line_graph
    g.longest_path
    g.loop_edges
    g.loop_vertices
    g.loops
    g.matching
    g.matching_polynomial
    g.max_cut
    g.maximum_average_degree
    g.merge_vertices
    g.min_spanning_tree
    g.minimum_outdegree_orientation
    g.minor
    g.modular_decomposition
    g.multicommodity_flow
    g.multiple_edges
    g.multiway_cut
    g.name
    g.neighbor_iterator
    g.neighbors
    g.networkx_graph
    g.num_edges
    g.num_verts
    g.number_of_loops
    g.order
    g.periphery
    g.plot
    g.plot3d
    g.radius
    g.random_edge
    g.random_subgraph
    g.random_vertex
    g.relabel
    g.remove_loops
    g.remove_multiple_edges
    g.rename
    g.reset_name
    g.save
    g.set_boundary
    g.set_edge_label
    g.set_embedding
    g.set_latex_options
    g.set_planar_positions
    g.set_pos
    g.set_vertex
    g.set_vertices
    g.shortest_path
    g.shortest_path_all_pairs
    g.shortest_path_length
    g.shortest_path_lengths
    g.shortest_paths
    g.show
    g.show3d
    g.size
    g.spanning_trees_count
    g.sparse6_string
    g.spectrum
    g.steiner_tree
    g.strong_orientation
    g.strong_product
    g.subdivide_edge
    g.subdivide_edges
    g.subgraph
    g.subgraph_search
    g.subgraph_search_count
    g.subgraph_search_iterator
    g.szeged_index
    g.tensor_product
    g.to_directed
    g.to_simple
    g.to_undirected
    g.topological_minor
    g.trace_faces
    g.transitive_closure
    g.transitive_reduction
    g.traveling_salesman_problem
    g.two_factor_petersen
    g.union
    g.version
    g.vertex_boundary
    g.vertex_connectivity
    g.vertex_cover
    g.vertex_cut
    g.vertex_disjoint_paths
    g.vertex_iterator
    g.vertices
    g.weighted
    g.weighted_adjacency_matrix
    g.wiener_index
    g.write_to_eps

Y aquí están algunas de las gráficas, se puede generar fácilmente:

graphs.BalancedTree
graphs.BarbellGraph
graphs.BidiakisCube
graphs.BrinkmannGraph
graphs.BubbleSortGraph
graphs.BuckyBall
graphs.BullGraph
graphs.ButterflyGraph
graphs.ChvatalGraph
graphs.CirculantGraph
graphs.CircularLadderGraph
graphs.ClawGraph
graphs.CompleteBipartiteGraph
graphs.CompleteGraph
graphs.CompleteMultipartiteGraph
graphs.CubeGraph
graphs.CycleGraph
graphs.DegreeSequence
graphs.DegreeSequenceBipartite
graphs.DegreeSequenceConfigurationModel
graphs.DegreeSequenceExpected
graphs.DegreeSequenceTree
graphs.DesarguesGraph
graphs.DiamondGraph
graphs.DodecahedralGraph
graphs.DorogovtsevGoltsevMendesGraph
graphs.DurerGraph
graphs.DyckGraph
graphs.EmptyGraph
graphs.ErreraGraph
graphs.FibonacciTree
graphs.FlowerSnark
graphs.FranklinGraph
graphs.FriendshipGraph
graphs.FruchtGraph
graphs.FuzzyBallGraph
graphs.GeneralizedPetersenGraph
graphs.GoldnerHararyGraph
graphs.Grid2dGraph
graphs.GridGraph
graphs.GrotzschGraph
graphs.HanoiTowerGraph
graphs.HeawoodGraph
graphs.HerschelGraph
graphs.HexahedralGraph
graphs.HigmanSimsGraph
graphs.HoffmanSingletonGraph
graphs.HouseGraph
graphs.HouseXGraph
graphs.HyperStarGraph
graphs.IcosahedralGraph
graphs.IntervalGraph
graphs.KneserGraph
graphs.KrackhardtKiteGraph
graphs.LCFGraph
graphs.LadderGraph
graphs.LollipopGraph
graphs.MoebiusKantorGraph
graphs.MoserSpindle
graphs.MycielskiGraph
graphs.MycielskiStep
graphs.NKStarGraph
graphs.NStarGraph
graphs.OctahedralGraph
graphs.OddGraph
graphs.PappusGraph
graphs.PathGraph
graphs.PetersenGraph
graphs.RandomBarabasiAlbert
graphs.RandomBipartite
graphs.RandomGNM
graphs.RandomGNP
graphs.RandomHolmeKim
graphs.RandomInterval
graphs.RandomLobster
graphs.RandomNewmanWattsStrogatz
graphs.RandomRegular
graphs.RandomShell
graphs.RandomTree
graphs.RandomTreePowerlaw
graphs.ShrikhandeGraph
graphs.StarGraph
graphs.TetrahedralGraph
graphs.ThomsenGraph
graphs.ToroidalGrid2dGraph
graphs.WheelGraph
graphs.WorldMap
graphs.cospectral_graphs
graphs.line_graph_forbidden_subgraphs
graphs.nauty_geng
graphs.trees            

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