Voy a abordar este tema desde la izquierda. En mecánica cuántica, tratamos con espacios vectoriales de dimensiones infinitas (espacios de Hilbert), así que tiendo a pensar en las transformaciones integrales en esos términos. Por ejemplo,
$$\int_{-\infty}^{\infty} K(x,y) f(y) dy = F(x)$$
puede considerarse como
$$ \mathbf{K} f = F $$
y $x$ y $y$ de la primera ecuación son los índices de los vectores de dimensión infinita y la matriz (kernel) $f$ , $F$ y $\mathbf{K}$ . Según esta interpretación, si $\mathbf{K}$ es unitaria entonces la integral es sólo un cambio de las bases del espacio de funciones (Hilbert). En otras palabras, la integral puede verse como la descomposición del vector original, $f$ en términos de la nueva base. Para las transformadas de Fourier, el núcleo es unitario y, aunque no es cierto para las transformadas de Laplace, la idea de que se trata de un cambio de base sigue siendo válida. Hay que tener en cuenta que, a diferencia del caso finito, en el caso de dimensión infinita hay que tener cuidado para asegurarse de que la transformada converge realmente, pero eso es otro problema completamente distinto.
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Te sugiero que entres en books.google.com y leas un poco aquí y otro poco allá: cada persona se adapta a una presentación diferente, algunas personas aprenden con ejemplos, otras con la teoría y un tercer grupo de personas aprende con aplicaciones en ejercicios.
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¿Qué libro utiliza? Eso podría permitir a la gente hacerse una idea de qué alternativas le convendrían más.
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Fundamentos de ecuaciones diferenciales 7ª Ed por Nagle, Saff y Snider
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No es un mal libro.