OP escribió(v3):
[...] Esto es una contradicción, ya que en este caso la dimensión del espacio de estados no tiene una cardinalidad bien definida.
El usuario twistor59 ya ha explicado en su respuesta que armónicos esféricos
$$Y_{\ell m}(\theta, \varphi)~=~\langle \theta, \varphi |\ell, m \rangle $$
viven en la biosfera $S^2$ parametrizado por las coordenadas $(\theta, \varphi)$ y cómo podemos ver $\mathbb{R}^3\backslash\{\vec{0}\}\cong ]0,\infty[\times S^2$ como una semilínea por una biesfera utilizando coordenadas esféricas $(r,\theta, \varphi)$ .
Así que en esta respuesta nos limitaremos a mencionar que la supuesta contradicción (al contar la dimensión del espacio de estados) tiene un análogo más sencillo para la esfera única $S^1\cong\mathbb{R}/2\pi\mathbb{Z}$ es decir, el círculo. Recordemos que las funciones $\psi(\theta)=\psi(\theta+2\pi)$ en el círculo $S^1$ son funciones periódicas de alguna variable de posición angular $\theta\in[0,2\pi[$ . Una base contable $(|m\rangle )_{m\in\mathbb{Z}}$ es a través de la serie de Fourier
$$\psi(\theta)~=~\sum_{m\in\mathbb{Z}} c_m e^{im\theta}, \quad e^{im\theta} ~=~\langle \theta| m \rangle,\quad c_m~=~\langle m |\psi\rangle,\quad \psi(\theta)~=~\langle \theta |\psi\rangle.$$
El espacio de Hilbert es un $L^2$ -espacio $$H~:=~L^2(S^1)~\cong~\ell^2(\mathbb{Z})~:=~\left\{(c_n)_{n\in\mathbb{Z} } ~\mid~ \sum_{m\in\mathbb{Z}} |c_n|^2 < \infty\right\}, $$ que es isomorfo al conjunto de series cuadradas integrables. Véase también, por ejemplo este Puesto de Phys.SE.
Una base continua es $(|\theta\rangle )_{\theta\in[0,2\pi[}$ hace no pertenecen al espacio de Hilbert $H$ sino a la llamada espacio de Hilbert amañado . Véase también, por ejemplo este Puesto de Phys.SE. Así que no hay ninguna contradicción. Simplemente estamos hablando de dos espacios de estado diferentes. Esencialmente, la misma explicación (para la supuesta contradicción en el recuento de la dimensión del espacio de estados) también se aplica, por ejemplo, a la biesfera $S^2$ y el espacio triple $\mathbb{R}^3$ .