Estoy totalmente de acuerdo con su tercer párrafo. Aparte de las cosas obvias como los esquemas, las listas de materiales, etc., hay cosas menos tangibles como, como dices, por qué elegiste un componente en particular e igualmente importante, por qué no lo hizo elegir un componente quizás más obvio.
Puede que esté mostrando mi edad, pero todavía me gusta usar un libro de registro de tapa dura para registrar mis procesos de pensamiento y decisiones de diseño, incluso las equivocadas. Si en el futuro alguien intenta sustituir un componente por otro más "adecuado" o mover una pista de la placa de circuito impreso, mis notas pueden decirle que ya he pasado por eso y me he quemado los dedos (¡quizá literalmente!).
Siempre numero las páginas y dejo algunas páginas al principio como índice. También puedes documentar cosas como los cálculos de la disipación de energía, las tolerancias, los tiempos, etc. (esta costumbre viene de mis días en la industria aeroespacial, donde era obligatorio llevar un libro de registro). Por supuesto, siempre puedes poner esta información en un documento de WP, pero yo me quedo con el papel.
Las descripciones de los circuitos también pueden ser apropiadas cuando se trata de circuitos inusuales (especialmente analógicos). Yo los trataría como si fueran comentarios de software para documentar cualquier circuito o función de los componentes que no sea evidente. Los esquemas, al igual que el software, deberían ser "autodocumentados" en la medida de lo posible, pero a veces esto no es suficiente.
Una alternativa más actual, sobre todo en un entorno educativo, podría ser tener una página web del proyecto. Se podría organizar como una colección de blogs para cada disciplina: diseño de hardware, diseño de pcb, software, etc. La naturaleza del blog permitiría a los colaboradores mostrar su flujo de pensamiento y documentar el progreso del proyecto, mientras que otras páginas podrían ser más formales (diagramas de Gantt, resultados de pruebas, etc.). Incluso se podrían añadir actas de reuniones y listas de acciones. Los hipervínculos facilitan las referencias cruzadas y ahora tenemos MathJax, por lo que incluso las ecuaciones de diseño son fáciles de insertar.