¿Cómo determinar el tamaño del efecto de una prueba de suma de rangos de Wilcoxon en R?

Question

Quiero determinar si hay una diferencia en los valores p medios entre dos grupos. Para hacer esto, realizo una prueba de sumas de rangos de Wilcoxon (los datos no siguen una distribución normal). Hasta aquí todo bien. Finalmente, quiero calcular el tamaño del efecto correspondiente. Desafortunadamente, R no proporciona esto. Tampoco proporciona un valor z con el que se pueda calcular fácilmente el tamaño del efecto usando: tamaño del efecto = z / sqrt(N)

Aquí hay un código R de ejemplo:

a=rep(0:1,each=20)                            #variable de agrupación
b=c(rnorm(20, .03,.01), rnorm(20, .02, .009)) #vector de valores p

d=cbind(a,b)

test = wilcox.test(b ~ a, data = d)     #realizar prueba de sumas de rangos de Wilcoxon
test

¿Alguien sabe cómo obtener el tamaño del efecto?

Answer 1

El estimador que corresponde a la prueba de Wilcoxon es el estimador de Hodges-Lehmann; se devuelve usando la opción conf.int=TRUE en wilcox.test, bajo "diferencia en la ubicación".

Para tu ejemplo:

> wilcox.test(b~a,data=d, conf.int=TRUE)

    Prueba de suma de rangos de Wilcoxon

data:  b por a 
W = 355, valor p = 6.914e-06
hipótesis alternativa: el desplazamiento de ubicación real no es igual a 0 
intervalo de confianza del 95 por ciento:
 0.008657301 0.021523993 
estimaciones de muestra:
diferencia en la ubicación 
            0.01442617 

Para obtener más información sobre la prueba de Wilcoxon, sus suposiciones y qué prueba realmente, y otros estimadores no paramétricos, este documento puede ser útil: www.stat.umn.edu/geyer/old03/5102/notes/rank.pdf

Answer 2

Obtenga la z para su fórmula mediante

library(coin)
mydf <- as.data.frame(d)
wilcoxsign_test(b ~ a, data = mydf, distribution="exact")

y calcule el tamaño del efecto con su fórmula, estableciendo N en 40