¿Existe un simulador de física completo que pueda utilizar para hacer simulaciones generales con fines de aprendizaje?
Cualquier lenguaje de programación completo de Turing. Se requiere algo de ensamblaje. A menudo decimos que todos los modelos son erróneos, por lo que cualquier problema que desee simular está trabajando en algún nivel de abstracción de las leyes físicas más fundamentales. Éstas son generalmente específicas del problema y la razón por la que no deberías esperar que un simulador de física "general" responda a tu pregunta (al menos no en 2012). Incluso si tuvieras unas ecuaciones de gobierno perfectamente correctas, cuando realizas una simulación numérica se introducen inadecuaciones que van desde la pérdida de precisión hasta el cambio total de la dinámica del sistema.
Mi simple sugerencia es buscar en alguna biblioteca de códigos de física. Parece que quieres algo orientado al aprendizaje, de naturaleza bastante abierta, fácil de usar y lo suficientemente potente como para hacer una simulación completa de mecánica de fluidos. Estos requisitos de software son casi ridículamente desalentadores. Para que conste, relajar el requisito de precisión para una simulación de dinámica de fluidos computacional no lo hace fácil.
He aquí un esfuerzo en curso que apoyo firmemente, la Física de Código Abierto:
http://www.compadre.org/osp/
Deberías navegar por sus bibliotecas para encontrar lo que más se acerque a tus necesidades. Hipotéticamente, no hay nada que impida usar su formato (con Java) para escribir una simulación 3D completa, pero debo volver a mi punto de vista de que has subestimado completamente el desafío de esa tarea. Aquí hay algunos resultados de la sección de mecánica de fluidos de su biblioteca:
http://www.compadre.org/osp/search/search.cfm?gs=225&b=1&qc=Compiled%20Simulation
Sospecho que lo encontrará insatisfactorio para sus propósitos. Aquí hay un applet específico que hace una simulación básica de Dinámica Molecular (MD) para un gas en 2D:
http://www.compadre.org/osp/items/detail.cfm?ID=8624
Creo que es un programa fantástico, pero las propiedades del fluido simulado no se ajustan a lo que quieres. Sería posible que reescribieras su código, expandiéndolo a 3D y cambiando las reglas de interacción de las partículas para responder completamente a la pregunta en cuestión. Llevaría mucho trabajo, pero si lo haces, por favor, envía tu código y publica un enlace.