La prueba de Mann-Whitney se basa en los rangos (/ordenamientos relativos) de los puntos de datos: el valor de la estadística de la prueba sólo depende del orden (los rangos) de las observaciones, no de sus valores individuales.
Tomar los logaritmos (de los valores positivos), o de hecho, cualquier otra transformación monótona de los valores (como tomar $-1/x$ con valores de datos positivos, o cubicando un conjunto de valores) no cambiará el orden (y por tanto los rangos asignados a las observaciones), sólo su espaciado relativo, por lo que la estadística no se verá afectada. (Incluso una transformación monótona decreciente no cambiará el valor p de la prueba de dos colas).