La respuesta es que no estás refiriéndote a ninguno de ellos. Esto se debe a que las estructuras de resonancia en realidad no existen. Solo las usamos para tener una idea aproximada de cómo realmente se ven la molécula y los enlaces. Una forma común de explicar las estructuras de resonancia es la siguiente:
Un explorador de una tierra lejana viaja a un nuevo continente y ve un animal extraño que nunca antes había visto, ¡un rinoceronte! Cuando regresa a casa, no está realmente seguro de cómo describir este extraño animal, así que le dice a todos que se veía como una mezcla entre un unicornio y un dragón.
Entonces lo que hizo el explorador fue intentar explicar un objeto extraño, difícil de imaginar (un rinoceronte), describiéndolo como una mezcla de dos objetos míticos, no existentes, pero fáciles de imaginar para la gente.
Es exactamente lo mismo que las estructuras de resonancia del benceno (y también para cualquier otra molécula). No existen realmente, sino que el benceno existe como una extraña mezcla de estas estructuras de resonancia. La razón por la que usamos estructuras de resonancia es que nos dan una idea de cómo imaginar cómo se ve el benceno.
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Dado que ninguna de las dos estructuras de resonancia realmente existe como se muestra, se toma la inferior para representar el híbrido de resonancia de la superior a menos que se sugiera lo contrario (no estoy seguro de haber visto que se sugiera lo contrario, pero podría ocurrir?).