Por qué son diferentes
La construcción teórica habitual de las funciones es una relación entre dos conjuntos $A$ y $B$ en el que cada $a \in A$ está relacionado exactamente con un $b \in B$ (pero no necesariamente uno distinto de cualquier otro $a' \in A$ ). Para escribirlo en símbolos formales, $f: A \to B$ es lógicamente equivalente a $$\Bigl(f \subseteq A \times B \Bigr) \mathbin\& \Bigl( \forall a \in A \,\exists b \in B : \bigl[ (a,b) \in f \bigr] \mathbin\& \bigl[\forall b' \in B: (a,b') \in f \implies b' = b \bigr] \Bigr) .$$ En particular, una función $f: \{ 1, 2 \} \to X \cup Y $ del tipo descrito en su pregunta es un conjunto de dos elementos $\{(1,x), (2,y)\}$ tal que $x \in X$ y $y \in Y$ . Esto es diferente de un elemento $(x,y) \in X \times Y$ .
Por qué no importa que sean diferentes
La razón por la que debes ignorar la diferencia es porque son sólo dos formas de reproducir la estructura de un par ordenado en la teoría de conjuntos. Lo que importa no es cómo se construyen los pares ordenados (o cualquier otra estructura particular), sino lo que se puede hacer con ellos. Por ejemplo, el enfoque de la teoría de categorías es poner el énfasis en los mapeos de las proyecciones $\pi_1$ y $\pi_2$ que te dan la primera y segunda entrada de las tuplas; y esto reproduce todo lo que realmente te interesa de las tuplas, sin preocuparte de "qué conjunto" representa la tupla.
Por qué tengo una preferencia a pesar de que no importa que sean diferentes
No obstante, debo confesar mi preferencia (puramente estética) por la definición en términos de funciones, si hacer elegir pasar el tiempo contemplando las definiciones en términos de conjuntos.
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Si se toman las construcciones muy literalmente, $A \times B \times C \times D$ tiene que ser interpretado como algo así como $A \times (B \times (C \times D))$ que se compone de tuplas $x = (a,(b,(c,d)))$ Lo cual es un poco ridículo. Prefiero pensar en las tuplas como $x = (a,b,c,d) := \{(1,a), (2,b), (3,c), (4,d)\}$ que es lo que realmente quiero decir (porque entonces $x_1 = a$ , $x_2 = b$ etc. no es más que una evaluación de funciones).
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Además, un producto infinito $A \times (B \times (C \times (\cdots))))$ daría lugar a conjuntos con cadenas infinitamente decrecientes de relaciones de elementalidad, que están descartadas por los axiomas habituales de la teoría de conjuntos (en concreto el Axioma de Fundación para ZFC o NBG ). Si utiliza funciones $f: A \to \bigcup_{\alpha \in A} X_\alpha$ para definir las tuplas, realmente no importa si $A$ resulta ser un conjunto infinito; el conjunto de las tuplas sigue estando bien definido (aunque cualquiera que no crea en el Axioma de la Elección puede pensar que podría estar vacío aunque ninguno de los $X_\alpha$ son).
Si se pasa mucho tiempo pensando en las tuplas en términos de conjuntos, definiendo las tuplas como funciones -y definiendo las funciones en términos de "arcos", palabra que elijo casi arbitrariamente para el conjunto habitual $\{\{a\},\{a,b\}\}$ utilizado para definir pares ordenados - hace las cosas mucho más agradables.