La pregunta es demasiado amplia: la respuesta depende de a quién se le pregunte.
Lo esencial en el análisis es mirar los límites.
(1) En una variable real hay dos caminos/direcciones para estrechar un punto. En dos variables hay infinitas líneas que pasan por un punto, por lo tanto hay infinitas direcciones para estrechar un punto y además se pueden obtener resultados diferentes en otro tipo de curvas. (Creo que esto es lo que Américo Tavares quería decir con infinitas derivadas - derivadas direccionales).
(2) La integración sobre un conjunto bidimensional puede hacerse al menos de tres maneras - una integral doble o dos integraciones iteradas - que si se cumplen las condiciones del teorema de Fubini-Tonelli tiene el mismo resultado.
(3) El teorema fundamental del cálculo es un poco más difícil: el teorema de Stoke.
(4) Las ecuaciones diferenciales parciales son, en general, más difíciles que las ecuaciones diferenciales ordinarias.
(5) Además, varias variables facilitan una variable, como ejemplo aprenderás una forma fácil de calcular $$\int_{-\infty}^\infty e^{-x^2}dx$$
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Las matrices y los vectores no suelen comportarse como escalares.
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¿El número de variables? :-)