Primero una advertencia: No sé mucho acerca de la topología algebraica o sus usos de la física, pero sé de algunos lugares, así que espero que encuentre esto útil.
Defectos topológicos en el espacio
El ejemplo estándar (pero muy bonito) es Efecto Aharonov-Bohm que considera un solenoide y una partícula cargada. Idealizando la situación dejemos que el solenoide sea infinito para obtener ${\mathbb R}^3$ con una línea eliminada.
Como la partícula está cargada se transforma bajo la $U(1)$ teoría gauge. Más precisamente, su fase será transportada paralelamente a lo largo de su trayectoria. Si la trayectoria encierra el solenoide, la fase será no trivial, mientras que si no lo encierra, la fase será cero. Esto se debe a que $$\phi \propto \oint_{\partial S} {\mathbf A} \cdot d{\mathbf x} = \int_S \nabla \times {\mathbf A} \cdot d{\mathbf S} = \int_S {\mathbf B}\cdot d{\mathbf S}$$ y observe que $\mathbf B$ desaparece fuera del solenoide.
La gracia es que, debido al argumento anterior, el factor de fase es un invariante topológico para las trayectorias que van entre algunos dos puntos fijos. Así que esto producirá una interferencia entre caminos topológicamente distinguibles (que podrían tener un factor de fase diferente).
Instantones
Un lugar donde aparece la homotopía son Instantones en las teorías gauge.
En concreto, si se considera un Teoría de Yang-Mills en ${\mathbb R}^4$ (por lo que esto significa tiempo euclidiano) y quieres que la solución (que es una conexión) tenga una energía finita entonces su curvatura tiene que desaparecer en el infinito. Esto te permite restringir tu atención a $S^3$ (de aquí viene el término instantón; está localizado) y aquí es donde entra la homotopía para hablar de las formas topológicamente no equivalentes en que el campo puede envolver $S^3$ . Cosas como estas son realmente importantes en la física moderna (tanto en la QCD como en la teoría de cuerdas) porque los instantones te dan una forma de hablar de los fenómenos no-perturbativos en la QFT. Pero me temo que no puedo decirte nada más que esto. (Espero poder estudiar más estas cosas).
TQFT
El último punto (del que no sé casi nada) se refiere a Teoría cuántica de campos topológicos como Teoría de Chern-Simons . Estos surgen de nuevo en la teoría de cuerdas (como toda la matemática moderna). Y de nuevo, siento no poder decirte más que esto todavía.