Como se mencionó anteriormente, newtoniano, la mecánica no tiene en cuenta efectos relativistas (ni mecánica cuántica efectos para el caso). Esto no significa que toda la rama que está mal, simplemente describe los eventos bajo ciertas condiciones (condiciones"normales", o aquellos que se observa en nuestra vida de cada día).
Respecto a su comentario, una derivación puede venir en práctico.
Deje $p=mv=m\frac {dx}{dt}$
Definir $F=\frac {dp}{dt}$
De ello se desprende que $F=\frac {dp}{dt}=\frac {dm\frac {dx}{dt}}{dt}$
Tenemos un producto ($mv$) por lo que aplicar la regla de cocientes para diferenciarse y obtener:
$F=\frac {dm}{dt}\cdot\frac{dx}{dt}+m\frac{d^2x}{dt^2}$
Esto es casi igual a la conocida $F=ma$, con la excepción de que me tiene que el primer término de $\frac {dm}{dt}\cdot\frac{dx}{dt}$. Sin embargo, Newton supone que la masa es constante con respecto al tiempo, lo $\frac {dm}{dt}=0$ de lo que se deduce que el $F=\frac {dm}{dt}\cdot\frac{dx}{dt}+m\frac{d^2x}{dt^2}=0 \cdot \frac {dx}{dt}+m\frac{dx^2}{dt^2}=m\frac{dx^2}{dt^2}$
Que es Newton bien conocidos de la segunda ecuación.
Sin embargo, como ha sido mencionado por otros, Einstein se dio cuenta de que la velocidad no es necesariamente constante en el tiempo y depende del observador/marco de referencia, por lo tanto el cambio en la definición de momentum, como cuestión de hecho, en algunos sistemas, la masa no es constante incluso!
A ver, en términos relativistas $p = \frac{ m_0 v }{ \sqrt{ 1 - \left( \frac{v}{c} \right)^2 } }$ y para los "sistemas de masa variable" $\frac {dm}{dt} \neq 0$
Hay algunos pesados cálculo aquí (no me gustaría catálogo tan duro, pero bastante pesado o tedioso), pero al final se suma a la siguiente: si tenemos en cuenta efectos relativistas pero se empieza desde la misma definición de $F=\frac{dp}{dm}$, llegamos a la conclusión de que $F\neq m\frac {d^2x}{dt^2}$.
Tl;dr: Porque de las matemáticas (y teniendo en cuenta efectos relativistas al hacer matemáticas).
Edit: por cierto, el relativista de la fuerza resulta ser $F=m\frac{dx^2}{dt^2}+\frac{v}{c^2}\cdot \frac{dE}{dt}$