¿Cómo medir la interacción entre variables (mutaciones)?

Question

Tengo un gran conjunto de datos de mutaciones genéticas germinales de una población de 1,000 individuos, tanto afectados como no afectados. Ya he investigado mutaciones individuales que están enriquecidas en la población afectada. Ahora quiero determinar si la presencia de dos mutaciones en el mismo individuo es más predictiva de la enfermedad que tener cada una individualmente. Es decir, si tener tanto la mutación A como la B aumenta la probabilidad de estar afectado significativamente más que tener solo A o solo B. Quiero identificar una lista de combinaciones candidatas que muestren el mayor grado de interacción o valor predictivo.

El problema parece ser algo sencillo, pero no he podido encontrar literatura que aborde esto.

¡Gracias de antemano!

Answer 1

No hay un modelo que pueda realizar esto según mi conocimiento. La única opción que veo, si realmente quieres probar pares, es construir 3 modelos, uno con A, uno con B, y uno con A y B. Después de esto, verificas si el último modelo funciona mejor que los otros. Y tendrías que hacer esto para cada par posible. Si tienes 200 millones de mutaciones (variables), esto resultaría en una cantidad absurda de modelos y resultados.

Tienes que pensar en algo más para hacer esto, no es realmente factible.