Para las bolas distinguibles, usamos Inclusión/Exclusión. Llamamos a una distribución de bolas mala si al menos un contenedor está vacío.
Como calculaste, hay $2^5$ arreglos malos donde el Contenedor 1 está vacío, y el mismo número donde el Contenedor 2 está vacío, y donde el Contenedor 3 está vacío.
Si encontramos la suma $2^5+2^5+2^5$, habremos contado dos veces los arreglos malos donde el Contenedor 1 y 2 están vacíos. También habremos contado dos veces los arreglos malos donde el Contenedor 1 y 3 están vacíos, también donde el Contenedor 2 y 3 están vacíos. Así que el número de arreglos malos es $2^5+2^5+2^5-3$.
Si las bolas son idénticas, tenemos un problema completamente diferente, que se resuelve en general utilizando el método de Estrellas y Barras (por favor ver Wikipedia).
Observación: Los números aquí son muy pequeños, por lo que las técnicas que usamos en la respuesta quizás son exageradas. Por ejemplo, para bolas indistinguibles, podemos hacer una lista explícita: $(1,1,3), (1,3,1), (3,1,1), (2,2,1), (2,1,2), (1,2,2)$.
Para las bolas distinguibles, podemos dividir en los $6$ casos mencionados en el párrafo anterior, y hacer un conteo de cada uno, aprovechando la simetría para acortar el cálculo. Esto es más trabajo que el procedimiento de Inclusión/Exclusión que usamos en la respuesta pero tiene una sensación más concreta. Probablemente se espera que uses Inclusión/Exclusión, ya que la Parte 2 lo sugiere.