Estoy usando KI-CAD. Visible en la imagen está un plano GND_USB (amarillo) en la capa 2, y también la capa superior (roja). Tengo un paquete QFN con una almohadilla expuesta en el centro. Por alguna razón, el plano de tierra no se inundará en los vias térmicas.
En la imagen se puede ver que el plano de tierra se inunda sobre algunos otras vias. Simplemente no se inunda sobre aquellas que forman parte de la huella SMD. En general, no puedo hacer que las zonas se inunden sobre agujeros metalizados en ninguna huella.
Cada via en la huella muestra qué nombre de red se le asigna desde el esquemático. Todos dicen que están asignados a GND_USB (igual que el plano).
Los vias están definidos en la huella como agujeros metalizados, y existen en todas las capas de cobre.
¿Cuáles podrían ser las posibles causas por las cuales el plano de tierra no se inunda sobre vias que forman parte de una huella?
Observa que el plano está exactamente a 20 mils de las vias, que es el ajuste de separación para el plano (zona). Lo confirmé reduciendo la separación y viendo cómo la inundación se acercaba. Aparentemente, la zona cree que necesita mantener separación de esas vias a pesar de que son la misma red.
EDITAR:
Bien, Seth encontró la configuración. El problema estaba en las propiedades del pad en la huella. Por alguna razón, la propiedad "Conexión del Pad" estaba establecida en "ninguna" de forma predeterminada. La cambié a "Sólido" y ahora funciona. Eso fue un poco confuso porque todos los tipos de pads SMD se conectan por defecto, así que nunca me molesté en notar esa configuración. 
