Aquí es donde entramos en algunas de las complejidades de cómo definimos realmente la energía 'total'. En lo que respecta a la gravedad, la física solo depende de los cambios en la energía potencial, no de su valor absoluto; ¡podemos agregar una constante a la energía potencial y obtener las mismas predicciones! Entonces, la 'energía potencial total' no es una cantidad completamente definida.
En lo que respecta a la teoría de los gases ideales, tratamos las partículas de gas como bolas rígidas e ignoramos cualquier interacción entre las moléculas. Entonces, en esta aproximación, ignoramos cualquier fuerza electromagnética entre las partículas. (Si quisiéramos agregarlas, llegaríamos a algo como el modelo de van der Waals que seguramente se mencionará más adelante en el libro que estás leyendo, o uno de muchos otros)!
Pero ¿qué pasa con la energía potencial gravitatoria? Esto se define hasta una constante, pero aún puede haber diferencias en la energía potencial gravitatoria entre las dos situaciones, porque la distribución de la densidad del aire cambia.
¿Cuánto?
Dado que estamos asumiendo una temperatura uniforme, y asumiendo un campo gravitatorio uniforme, podemos calcular la distribución de densidad en equilibrio hidrostático. En el equilibrio hidrostático, la presión y la densidad son funciones de la altura, pero aún consideramos que están relacionados por la ley de los gases ideales $mP(z)=\rho(z) k_BT$. Tenemos $$\frac{dP}{dz}=-\rho(z)g=-\frac{mg}{k_BT}P(z)$$ con la solución $$\rho(z)=\rho_0\exp\left(-\frac{mgz}{k_BT}\right)$$ Establecemos la densidad del aire al nivel del suelo, $\rho_0$ requiriendo que la masa total de partículas en el gas sea constante: $$\int_\text{room} \rho(z) dV = M$$ Si suponemos que la habitación tiene un área de piso $A$ y una altura $h$, esto se convierte en $$M=A\int_0^h \rho(z) dz = \frac{A\rho_0 k_B T}{mg}\left(1-\exp\left(-\frac{mgh}{k_BT}\right)\right)$$ Podemos reorganizar esto para encontrar $\rho_0$ como una función de la temperatura: $$\rho_0=\frac{Mmg}{Ak_B T \left(1-\exp\left(-\frac{mgh}{k_BT}\right)\right)}$$
Una vez que encontramos la densidad como una función de la altura, podemos calcular la energía potencial del gas.
La densidad de energía potencial gravitatoria de un trozo de gas a una altura $z$ sobre el nivel de referencia de energía potencial cero es simplemente $u(z)=\rho(z) g z$. Así que la energía potencial total de la habitación entera es $$U=\int_\text{room} u(z)\,dV=\int_\text{room} \rho(z) g z\thinspace dV=\int_\text{room}gz\rho_0\exp\left(-\frac{mgz}{k_BT}\right)dV$$ y con nuestro área $A$ y altura $h$, esto se convierte en $$U=Ag\rho_0\int_0^h z\exp\left(-\frac{mgz}{k_BT}\right)\,dz$$
Para calcular esto, podemos usar un resultado estándar de integral: $$\int_0^h z \exp \left(-\frac{z}{C}\right)=C^2\left(1-\left(1+\frac{h}{C}\right)\exp\left(-\frac{h}{C}\right)\right)$$ que podemos usar con $C=\frac{k_B T}{mg}$ para encontrar (respiración profunda)... $$U=\frac{A \rho_0 k_B T}{m}\cdot\frac{k_B T}{mg}\left(1-\left(1+\frac{mgh}{k_B T}\right)\exp\left(-\frac{mgh}{k_B T}\right)\right)$$
Podemos combinar esto con nuestro resultado anterior para $\rho_0$: $$U=\frac{Mk_B T}{m}\cdot\frac{1-\left(1+\frac{mgh}{k_B T}\right)\exp\left(-\frac{mgh}{k_B T}\right)}{1-\exp\left(-\frac{mgh}{k_BT}\right)}$$
Reorganizando esto ligeramente para limpiarlo, obtenemos $$\begin{align*}U&=\frac{Mk_B T}{m}\cdot\frac{\exp\left(\frac{mgh}{k_B T}\right)-\left(1+\frac{mgh}{k_B T}\right)}{\exp\left(\frac{mgh}{k_BT}\right)-1}\\&=\frac{Mk_B T}{m}\left(1-\frac{mgh}{k_BT}\frac{1}{\exp\left(\frac{mgh}{k_BT}\right)-1}\right)\\&=\frac{Mk_B T}{m}-\frac{Mgh}{\exp\left(\frac{mgh}{k_BT}\right)-1}\\&=Nk_B T - \frac{Nmgh}{\exp\left(\frac{mgh}{k_B T}\right)-1}\end{align*}$$ donde en la última línea hemos usado que la masa total es $M=Nm$.
Entonces, en respuesta a tu pregunta, la energía total del gas ideal en una habitación de temperatura uniforme de área $A$ y altura $z$ en equilibrio hidrostático sería (asumiendo que no he cometido un error en la derivación anterior)...
$$E=\frac{5}{2}Nk_B T - \frac{Nmgh}{\exp\left(\frac{mgh}{k_B T}\right)-1}$$
más una constante.