El invariante que estás buscando es
$$P = \prod_{i=1}^n (1-4x_i)$$
si los números en la pizarra en un momento dado son $x_i, i=1,\ldots,n$.
Es un producto de factores que dependen solo de un $x_i$ cada uno, por lo que si reemplazas $x,y$ en la pizarra con $x+y-4xy$, reemplazas el producto original de 2 factores
$$(1-4x)(1-4y) = 1-4x-4y+16xy$$
por
$$(1-4(x+y-4xy)) = 1-4x-4y+16xy,$$
nada más cambia, por lo que todo el producto no cambia.
Como se mencionó en la respuesta de Misha Lavrov, dado que $\frac14=\frac{503}{2012}$ está inicialmente en la pizarra, tenemos $P=0$ y eso significa que el último elemento restante también será $\frac14$.
Para resolver un problema como este y encontrar el término invariante, es necesario mirar la "fórmula de reemplazo", en este caso $(x,y) \mapsto x+y-4xy$. Es conmutativa e implica el producto de $x$ e $y$ como el "término de mayor orden", por lo que es probable que el invariante sea un producto. Parece adecuado probar una transformación lineal para cada término, ya que $(a+bx)(a+by)=a^2+abx+aby +b^2xy$ conduce al tipo de fórmula que necesitamos.
Comencé con $(4x-1)(4y-1)$, pero eso llevó a un cambio en el signo al compararlo con $4(4x+4y-4xy)-1$, así que invertí el signo de cada factor y obtuve el resultado.