Respuesta corta, usa el DEM.
Las unidades de GPS de mano del tipo que mencionas (de grado de consumidor), pueden potencialmente utilizar dos métodos diferentes para calcular la elevación: la posición GPS calculada o un altímetro barométrico interno. Debido a la forma en que funciona el GPS (explicado en la página a la que mkennedy hizo referencia originalmente en un comentario, y en otros lugares), sin sistemas corregidos de alta calidad, el método barométrico suele ser típicamente más preciso que el GPS. El siguiente escalón desde el Consumidor es Diferencial, que según esa página tiene una precisión vertical de 2-3 veces la horizontal, y por encima de eso está el de Grado de Levantamiento que puede llegar a un nivel de mm dependiendo de los factores de modo y rango. Diferencial y Levantamiento sí utilizan cálculo GPS en lugar de barométrico.
Sin embargo, el método barométrico todavía tiene problemas - las lecturas pueden verse afectadas por el clima a medida que cambia la presión atmosférica y la temperatura. Es poco probable que obtengas lecturas de elevación consistentemente detalladas o precisas. Yo uso un Garmin 60CSx y podría proporcionar múltiples ejemplos de rutas GPS de esto; tengo pistas que son bucles y muestran una diferencia vertical de 200 pies entre los puntos de inicio y finalización, incluso aunque estén en el mismo lugar, así como múltiples versiones de la misma pista con elevaciones completamente diferentes en todo momento. Algunos documentos sobre sus unidades Edge colocan la precisión vertical con lecturas barométricas calibradas en +/-50 pies.
Un par de enlaces relacionados desde las preguntas frecuentes de Garmin:
Y hay muchos otros lugares en la web donde puedes encontrar información/discusiones sobre la precisión de la elevación calculada por GPS versus altímetro barométrico, especialmente relacionado con unidades de consumidor de mano. En resumen, cada unidad devolverá valores diferentes, e incluso la misma unidad lo hará en viajes diferentes.
Por otro lado, el DEM es básicamente un valor mapeado con el que estás comparando la ruta. Tendrás imprecisiones basadas tanto en la resolución horizontal como vertical del DEM (así que una resolución más alta es mejor), pero será consistente de una pista a otra (asumiendo que dichas pistas estén dentro de una tolerancia horizontal dada, por supuesto). Un DEM o mapa con contornos u cualquier otra fuente de datos similar es básicamente fijo: los valores son los que eran cuando se midieron/interpolaron. Pero cada pista de GPS va a ser lo que la unidad grabó en cualquier momento, por lo que diferirá del valor del mapa en el mismo punto. Esto es evidente en las unidades de GPS que son capaces de mostrar datos del mapa; puedes ver la elevación que el mapa dice que estás, junto con lo que dicen el altímetro y potencialmente incluso los valores de elevación calculados por GPS (y probablemente los tres diferirán).