Este es un comentario largo en lugar de una respuesta. Además, seré muy descuidado en los detalles porque no tengo un fuerte conocimiento sobre ellos.
Creo que el hecho de que la dualidad de Pontryagin funcione con mapas $\mathrm{Hom}(\,\_\,,\mathbb{T})$ donde $\mathbb{T}=U(1)$ tiene que ver con los siguientes hechos:
- La dualidad de Cartier, que es algo muy natural/razonable de hacer, funciona con el grupo multiplicativo, que es $\mathbb{C}^\times$ sobre los números complejos.
- $\mathbb{T}\subset\mathbb{C}^\times$ es la forma real compacta del grupo reductivo $\mathbb{C}^\times$, y la teoría de representaciones de un grupo algebraico reductivo complejo es "la misma" que la de su forma real compacta.
[Edición importante: como el comentario de Yemon Choi me recordó, en lo que sigue el grupo algebraico $G$ tiene que ser diagonalizable, o al menos una versión de la dualidad de Cartier que conozco está definida para esquemas de grupos de tal tipo en Waterhouse Introduction to affine group schemes. ¡Esto es muy restrictivo!]
¿Entonces, qué es la dualidad de Cartier? Trabajando sobre $\mathbb{C}$, hay una involución en la categoría $\mathbf{CHopf}$ de álgebras de Hopf conmutativas $$\mathbf{CHopf}\to\mathbf{CHopf}$$ $$A:=(V,m,\Delta)\mapsto A^\vee:=(V^\vee,\Delta^\vee,m^\vee)$$
enviando un álgebra de Hopf $A$ con espacio vectorial subyacente $\mathbb{C}$-vectorial $V$, multiplicación $m$ y comultiplicación $\Delta$ (y otros datos que estoy suprimiendo de la notación) a la estructura de álgebra de Hopf $A^\vee$ en el espacio vectorial dual $V^\vee=\mathrm{Hom}(V,\mathbb{C})$ con multiplicación dada por $\Delta^\vee$ y comultiplicación por $m^\vee$. La categoría $\mathbf{aaGrp}$ de grupos algebraicos complejos afines es opuesta a la categoría $\mathbf{CHopf}$ a través de $A=(V,m,\Delta)\mapsto G:=\mathrm{Spec}(V,m)$ con la operación del grupo dada por el morfismo $\mathrm{Spec}(\Delta):G\times G\to G$. A la inversa, un grupo algebraico $(G,\mu)$ va a $V=\mathcal{O}(G)$, el álgebra de funciones globales en $G$, con su estructura algebraica natural, y la comultiplicación dada por $\mu^{\sharp}:\mathcal{O}(G)\to\mathcal{O}(G\times G)=\mathcal{O}(G)\otimes\mathcal{O}(G)$.
Bajo esta antiequivalencia $\mathbf{CHopf}\to\mathbf{aaGrp}$, la involución $A\to A^\vee$ corresponde a $G\mapsto \mathbf{aaGrp}(G,\mathbb{C}^\times)$.
Esto quiere decir que "dualizar de Pontryagin" con respecto a $\mathbb{T}$ de alguna manera proviene de la dualidad habitual de espacios vectoriales sobre $\mathbb{C}$.