El OP ya dio la expansión de la serie para $\arctan \left( \frac{2x \sin\theta}{1-x^{2}} \right) $ en aquí. Usando esa expansión, tenemos
\begin{align*} &\int_{0}^{\frac{\pi}{2}} \arctan \left( \frac{2x \sin\theta}{1-x^{2}} \right) \arctan \left( \frac{2y \sin\theta}{1-y^{2}} \right) \arctan \left( \frac{2z \sin\theta}{1-z^{2}} \right) \arctan \left( \frac{2w \sin\theta}{1-w^{2}} \right) \, d\theta \\ &\quad = 16 \sum_{m=0}^{\infty} \sum_{n=0}^{\infty} \sum_{p=0}^{\infty} \sum_{q=0}^{\infty} \frac{x^{2m+1}y^{2n+1}z^{2p+1}w^{2q+1}}{(2m+1)(2n+1)(2p+1)(2q+1)} \times \\ & \qquad \times \int_{0}^{\frac{\pi}{2}} \sin(2m+1)\theta \sin(2n+1)\theta \sin(2p+1)\theta \sin(2q+1)\theta \, d\theta \quad \quad \rm{\bf (1)} \end{align*}
Ahora usamos la siguiente igualdad trigonométrica algo extensa para $x,y,z,w$ generales (que se puede demostrar con fórmulas de Euler, o más fácilmente, combinando fórmulas de productos triples y dobles como se enumera en Wikipedia aquí) \begin{align*} & \quad 8 \sin(w) \sin(x) \sin(y) \sin(z) = \\ & - \cos(w+x+y-z) - \cos(w+y+z-x) - \cos(w+z+x-y) + \cos(w+x+y+z)+\\ &\cos(-w+x+y-z) + \cos(-w+y+z-x) + \cos(-w+z+x-y) - \cos(-w+x+y+z) \end{align*}
Surgen integrales, donde 4, 3 o 2 argumentos tienen un signo positivo. Veamos estos tipos de integrales. En lo siguiente, $\delta_n = 1$ para $n=0$, $\delta_n =0$ en otro caso.
a) 4 signos positivos: $$ \int_{0}^{\frac{\pi}{2}} \cos(2m+2n+2p+2q+4)\theta \, d\theta = \frac{\pi}{2} \delta_{m+n+p+q +2} $$ Dado que $m,n,p,q \geq 0$, este término nunca se encontrará en la suma.
b) 3 signos positivos: $$ \int_{0}^{\frac{\pi}{2}} \cos(2m+2n+2p-2q +2)\theta \, d\theta = \frac{\pi}{2} \delta_{m+n+p-q +1} $$
c) 2 signos positivos: $$ \int_{0}^{\frac{\pi}{2}} \cos(2m+2n-2p-2q)\theta \, d\theta = \frac{\pi}{2} \delta_{m+n-p-q} $$
Así que la integral completa (1) se convierte en
\begin{align*} & \frac{\pi}{16}\Big[ \delta_{m+n+p+q +2} - \delta_{-m+n+p+q +1}- \delta_{m-n+p+q +1}- \delta_{m+n-p+q +1}- \delta_{m+n+p-q +1} +\\ & \delta_{m+n-p-q} +\delta_{-m+n-p+q} +\delta_{m-n-p+q} \Big] \end{align*}
Entonces, la conjetura se prueba si establecemos
\begin{align*} & \frac12 (-1)^{m+n+p+q} d(m,n,p,q) = \quad \quad \rm{\bf (2)}\\ & \delta_{m+n+p+q +2} - \delta_{-m+n+p+q +1}- \delta_{m-n+p+q +1}- \delta_{m+n-p+q +1}- \delta_{m+n+p-q +1} +\\ & \delta_{m+n-p-q} +\delta_{-m+n-p+q} +\delta_{m-n-p+q} \end{align*}
Dado que $d(m,n,p,q)$ denota la cantidad de elecciones de signos de modo que $$ \pm(2m+1) \pm(2n+1) \pm (2p+1) \pm(2q+1) = 0 $$
Podemos convencernos de los diversos casos. Esto se ve mejor con la descripción de casos dada por el OP. (Nota: parece haber un error tipográfico en el penúltimo caso). Aquí hay una lista de términos (con signos correspondientes) que se aplican. Tenga en cuenta que necesitamos la mitad de los términos dados por el OP, debido al factor $\frac12$ en (2):
$$ \begin{cases} \delta_{m+n-p-q} +\delta_{-m+n-p+q} +\delta_{m-n-p+q} & \text{si } m = n = p = q, \\ \delta_{-m+n-p+q} +\delta_{m-n-p+q} & \text{si } m = n < p = q, \\ \delta_{m+n-p-q} & \text{si } m + n = p + q, \\ - \delta_{m+n+p-q +1} & \text{si } m + n + p = q-1, \\ 0 & \text{en otro caso}. \end{cases} $$
Esto se aplica también para todas las permutaciones de los índices. Listo. $\quad \quad \Box$