Las transformaciones se pueden utilizar para una variedad de propósitos. En particular, a menudo se utilizan para garantizar que se cumplan las suposiciones de algún modelo paramétrico estándar (por ejemplo, para que los residuos aproximen a una distribución normal).
En general, prefiero usar transformaciones para generar una representación más significativa de la escala de una variable. Por ejemplo, a menudo encuentro útil hacer logaritmo(x+1) en variables de recuento donde x es la frecuencia de hacer algo. Esto se debe a que los recuentos brutos a menudo no reflejan la escala que deseo representar de los fenómenos. Por ejemplo, si tienes participantes que nunca han hecho algo, alguien que lo ha hecho una o dos veces, y otro participante que lo ha hecho 100 veces. El logaritmo de dicha variable es una representación más natural para mí.
Desde esta perspectiva, si las transformaciones resultan en una distribución normal o no, no es el punto principal. Yo veo el paso 1 como llevar la variable a una métrica preferida, y el paso 2 como encontrar un modelo adecuado para representar los datos. Si resulta que los datos no están distribuidos normalmente, entonces hay una variedad de técnicas como el bootstrapping para manejar la situación.
En términos de la implicación para los tamaños de efecto, mi recomendación sería: (1) definir la métrica más significativa para la variable dependiente, (2) calcular los tamaños de efecto utilizando esa métrica. Así que, si la transformación logarítmica hace una métrica más significativa, entonces úsala para los cálculos de tamaño de efecto.
Como punto adicional, puede resultarte útil calcular el tamaño de efecto en ambas versiones de la variable para comprender la robustez del efecto a la transformación.