Aquí hay una prueba que no utiliza el axioma de elección.
Supongamos que $\mathbb{R}$ fuera numerable. Entonces $\mathscr{P}(\omega\times\omega)$ sería numerable, por un simple argumento de codificación. Se sigue que el conjunto $W$ de bien-ordenamientos de $\omega$ sería numerable, ya que $W\subseteq\mathscr{P}(\omega\times\omega).$
Sea $\langle w_n \mid n\lt\omega\rangle$ una enumeración de $W.$ Construye un bien-ordenamiento $w$ comenzando con $w_0,$ agregando $w_1,$ luego agregando $w_2,$ etc. Luego $w$ es un bien-ordenamiento de $\omega$ de tipo de orden mayor que cualquier ordinal numerable, lo cual es una contradicción. [Estrictamente hablando, construirías $w$ como un bien-ordenamiento de $\omega\times\omega,$ donde $\langle\langle m,a\rangle,\langle n,b\rangle\rangle\in w$ si $m\lt n$ o $(m=n \text{ y } \langle a,b\rangle\in w_m).$ Pero luego $w$ puede ser fácilmente codificado como un bien-ordenamiento de $\omega.]$
¿Cuál es la conexión con el teorema de Hartogs? Podrías ver la contradicción anterior como una contradicción al teorema de Hartogs (ya que $w$ sería un bien-ordenamiento de $\omega$ de tipo de orden al menos $\omega_1,$ que está garantizado de existir por el teorema de Hartogs), o, tal vez mejor, podrías verlo como una prueba inspirada por el teorema de Hartogs.
Para responder también a tu segunda pregunta, esto es realmente diferente de la diagonalización y no puede reformularse de esa manera.
Edición: Veo que esto es similar en espíritu a la respuesta de @NoahSchweber, pero está configurado para evitar el uso del axioma de elección (ya que no tomo un desvío a través de una unión numerable de ordinales numerables, sino que trato directamente con los bien-ordenamientos).