Aquí hay otra solución. La idea principal es obtener una estimación integral y usar una aproximación a la identidad para reducirla a una estimación puntual.
Sea $E$ el conjunto de puntos $x$ tales que $x$ es un punto de Lebesgue tanto de $f$ como de $g$. Dado que tanto $f$ como $g$ son localmente integrables, $\mathbb{R}-E$ tiene medida cero.
Ahora elige $x\in E$ y considera un cubo $C_x(r)$ de longitud lateral $r$ centrado en $x$. Entonces
$$\phi_{\epsilon}=\frac{1}{|C_{x}(\epsilon)|}\chi_{C_{x}(\epsilon)}$$
pertenece a $L^2(\mathbb{R})\cap L^{\infty}(\mathbb{R})$, por lo que
$$(f_n,\phi_{\epsilon})\to(f,\phi_{\epsilon})\quad\text{y}\quad(f_n^2,\phi_{\epsilon})\to(g,\phi_{\epsilon}).$$
Aplicando la desigualdad de Cauchy-Schwarz a $f_n\sqrt{\phi_{\epsilon}}\cdot\sqrt{\phi_{\epsilon}}$,
$$(f_n,\phi_{\epsilon})^2=\left( \int f_n\phi_{\epsilon}\right)^2\leq\int f_n^2\phi_{\epsilon}=(f_n^2,\phi_{\epsilon}).$$
Así que al llevar $n\to\infty$ tenemos
$$(f,\phi_{\epsilon})^2\leq(g,\phi_{\epsilon}).$$
Ahora al llevar $\epsilon\to 0$ obtenemos $f^2(x)\leq g(x)$, completando la demostración.
P.D. Vi una pregunta similar en AoPS. Espero que mi respuesta no sea un duplicado.