No miden lo mismo. Para ver esto, piensa en las unidades físicas.
Supongamos que el valor de $x$ se mide en segundos. Por ejemplo, $n$ personas hacen una carrera de 100 metros y los valores $x_i$ son cuántos segundos les tomó a cada uno terminar.
La fórmula $|x_i - \bar x|$ mide la diferencia de dos tiempos, por lo tanto también se mide en segundos.
La desviación media absoluta es entonces un promedio de valores en segundos, por lo tanto también se mide en segundos.
Sin embargo, la fórmula $(x_i - \bar x)^2$ eleva al cuadrado la diferencia de dos tiempos, por lo tanto se mide en segundos al cuadrado. La varianza también se mide en segundos al cuadrado. No pertenecen al mismo espacio físico de variables, por lo tanto miden cosas diferentes.
La desviación estándar, sin embargo (la raíz cuadrada de la varianza), de nuevo se mide en segundos, por lo tanto mide algo similar (al menos, físicamente similar).
En cuanto a por qué preferimos la raíz cuadrada del promedio de cuadrados en lugar del promedio de valores absolutos: la raíz cuadrada tiene mejores propiedades matemáticas, como se muestra en otras respuestas y en el enlace al que hiciste referencia (especialmente la respuesta de Rich).