Dado que la derivación de tu pregunta es un poco brusca, me tomo la libertad de ampliar un poco más. La primera ecuación de tu pregunta puede escribirse en la forma $$\frac{d}{dt}\left( ml^2 \dot{\phi}\right) + mgl\sin(\phi)=0$$ Intentando encontrar el Lagrangiano correspondiente, podemos escribirlo aún más como $$\frac{d}{dt}\frac{\partial}{\partial \dot \phi}\left( \frac{1}{2}ml^2 \dot{\phi}^2\right)-\frac{\partial}{\partial \phi}\left( mgl\cos(\phi)\right)=0$$ Por lo tanto, concluyendo desde las ecuaciones de Euler-Lagrange, el Lagrangiano debe tener la forma $$L=\frac{1}{2}ml^2 \dot{\phi}^2 + mgl\cos(\phi)+L_2(l,\dot l)=T_1(\phi,\dot \phi, l, \dot l)-V_1(l,\phi)+L_2(l,\dot l)$$ Obviamente, este es un tipo de problema de péndulo donde $l$ es la longitud variable (de lo contrario su derivada respecto al tiempo no aparecería) del péndulo y $\phi$ es el ángulo de rotación.
La aproximación del oscilador armónico generalmente comprende dos cosas:
- hay un estado de equilibrio donde $V$ es mínimo. Independientemente de cómo se comporte el sistema en nuestro caso con respecto a $l$, $V_1$ es mínimo para $\phi = n\cdot 2\pi$, donde $n$ es un entero. Para el péndulo, esta es claramente una de las configuraciones de equilibrio equivalentes distinguibles solo por el "número de vueltas" $n$. Sin pérdida de generalidad, podríamos elegir $\phi_0=0$ como el punto de equilibrio.
- la expansión de Taylor del Lagrangiano alrededor del punto de equilibrio hasta términos de segundo orden. Dado que las fuerzas son cero (o la energía potencial es mínima) en equilibrio, los términos de primer orden desaparecen, por lo que solo permanecen los términos de segundo orden.
Supongamos que también hay un punto de equilibrio para $l$ dado por $l_0$, entonces la aproximación del oscilador armónico se obtiene expresando el Lagrangiano en las nuevas coordenadas de equilibrio $$\phi\to \phi_0+\phi \qquad \mbox{y} \qquad l\to l_0+l$$ donde ahora $\phi$ y $l$ denotan las pequeñas desviaciones del punto de equilibrio (sería más claro denotarlas por $\delta \phi$ y $\delta l$, pero quiero evitar el desorden notacional). Entonces, debido a $\phi_0=0$ obtenemos $$L=\frac{1}{2}m(l_0+l)^2 \dot{\phi}^2 + mg(l_0+l)\cos(\phi)+L_2(l_0+l,\dot l_0+\dot l)$$ La expansión de Taylor en las pequeñas desviaciones $\phi$ y $l$ hasta segundo orden produce $$L\approx \frac{1}{2}ml_0^2 \dot{\phi}^2 + mg(l_0+l) - \frac{1}{2}mgl_0\phi^2+(\dots \mbox{términos de $L_2$} \dots)$$ Especialmente nota que en la expansión de Taylor se han descuidado los términos cúbicos (es decir, de orden 3) en $l\dot \phi^2$ y $l\phi^2$, los términos cuárticos (de orden 4) en $l^2\dot \phi^2$, e incluso órdenes superiores (del coseno), como lo requiere la aproximación del oscilador armónico.
El Lagrangiano anterior con respecto a $\phi$ conduce a la segunda ecuación de tu pregunta, excepto que denota por $l_0$ la longitud de equilibrio del péndulo, que en tu versión aún se denota por $l$. Sin embargo, la versión de tu "libro de texto" es confusa ya que $l_0$ es en realidad una constante, mientras que parece que $l$ sugiere que sigue siendo una longitud variable.
También podrías introducir directamente la transformación a las variables de equilibrio en la ecuación de movimiento. Entonces, harías la expansión de Taylor solo hasta el primer orden (como lo indicó la respuesta de TBissinger, y por esto en la respuesta de Eli se llama linearización, orden 1 significa lineal). Sin embargo, como se mencionó anteriormente, si no tienes en cuenta la posición de equilibrio para $l$, no entenderás qué término es de qué orden. Por lo tanto, responder a tus preguntas numeradas no tiene sentido porque ignoran este hecho.
Por supuesto, la derivación anterior es un poco más extensa que la tuya, pero al menos entiendes lo que está sucediendo. Por lo general, si has realizado este tipo de cálculos varias veces, ya no es necesario pasar por todos los detalles nuevamente, y puedes caer en cálculos más generales con gestos o manos.