Hay que hacer una distinción importante. El axioma de inducción de segundo orden es sólo eso: un axioma. Puede interpretarse de varias maneras.
En aritmética normal de segundo orden, $Z_2$ tenemos el axioma habitual de inducción de segundo orden $$ (\forall X)\big [(0 \in X \land (\forall n)[n \in X \to n+1\in X]) \to (\forall n)[n \in X]\big ] $$ Pero $Z_2$ suele estudiarse con semántica de primer orden, y en ese contexto es una teoría efectiva de la aritmética sujeta a los teoremas de incompletitud. En particular, $Z_2$ incluye cada axioma de PA, e incluye el axioma de inducción de segundo orden, y aún así está incompleta.
Por lo tanto, la conocida prueba de categoricidad no debe basarse únicamente en el axioma de inducción de segundo orden. También se basa en un cambio a un axioma totalmente diferente semántica aparte de la elección de los axiomas. Sólo en el contexto de estas semánticas especiales "completas" la AP con el axioma de inducción de segundo orden se vuelve categórica.
Ahora, si fijamos un sistema deductivo sólido para $Z_2$ el cambio de semántica no afecta en absoluto a las fórmulas demostrables. Por tanto, aunque $Z_2$ con semántica completa de segundo orden es categórica, para cualquier sistema deductivo efectivo sólido aún existen fórmulas verdaderas de $Z_2$ que no son ni demostrables ni refutables en ese sistema.
Esto responde a una pregunta en los comentarios: "¿Cómo puede ser incompleta una teoría categórica?". La respuesta es que la categoricidad viene determinada tanto por la elección de los axiomas como por la elección de la semántica, mientras que la completitud en este sentido viene determinada por los axiomas y la elección de un sistema deductivo. (Aquí "completo" significa que el conjunto de teoremas demostrables es un conjunto consistente máximo). No hay ninguna razón por la que, en un entorno general, la categoricidad deba implicar la completitud. De hecho, no es así.
Independientemente de la semántica que queramos utilizar, es sencillamente imposible -por los teoremas de incompletitud- dar con ningún sistema deductivo eficaz que extienda PA y sea completo en el sentido del párrafo anterior. Pasar a sistemas de orden superior nos ayuda a demostrar proposiciones verdaderas adicionales sobre los números naturales, pero nunca podremos encontrar un sistema deductivo que las demuestre todas.