Es al revés: cuando se diferencian ambos lados de una ecuación, hay que preocuparse por creación de soluciones. Esto se debe a que $f'(x)=g'(x)$ sólo implica $f(x)=g(x)+c$ para algunos $c$ . Así que cualquier solución al IE satisfará al DE pero no al revés.
En efecto, el IE lleva incorporadas las condiciones de contorno, lo que no ocurre con el DE. Esto no es totalmente obvio, así que vamos a recorrer a través de su ejemplo.
Sustituir $x=0$ en el IE original para ver $f(0)=0$ . Diferenciar una vez para obtener
$$f'(x)+\int_0^x f(y) dy=3x^2$$
y luego sustituir $x=0$ para obtener $f'(0)=0$ . Así pues, la IE* implica la EDO IVP $f''(x)+f(x)=6x,f(0)=0,f'(0)=0$ que tiene una solución única, como probablemente ya sepa.
Para ver si el IVP de la ODE implica el IE, se ejecuta el procedimiento a la inversa:
$$\int_0^x f''(y) + f(y) dy = \int_0^x 6y dy \\ f'(x)-f'(0)+\int_0^x f(y) dy = 3x^2.$$
Utiliza la condición inicial:
$$f'(x)+\int_0^x f(y) dy = 3x^2.$$
Ahora te integras de nuevo:
$$\int_0^x f'(y) dy + \int_0^x \int_0^y f(z) dz dy = \int_0^x 3y^2 dy \\ f(x)-f(0) + \int_0^x \int_0^y f(z) dz dy = x^3.$$
Utiliza la otra condición inicial:
$$f(x)+\int_0^x \int_0^y f(z) dz dy = x^3.$$
Esto parece diferente del original, pero en realidad es lo mismo. Una forma de hacer que parezca lo mismo es utilizar la integración por partes junto con las condiciones iniciales en la integral externa del segundo término. Otra forma es intercambiar el orden de integración; después del intercambio puedes simplemente hacer la integral interna $dy$ integral ya que $f(z)$ no depende de $y$ . El hecho de que ambos funcionen es algo bastante general, cf. https://en.wikipedia.org/wiki/Order_of_integration_(calculus)#Relación_con_la_integración_por_partes
* Técnicamente necesitas el IE y un $C^2$ para realizar este cálculo. El atajo que se me ocurre para conseguir este supuesto de regularidad es suponerlo de entrada, comprobar que la solución que se obtiene tiene la regularidad deseada (que la tiene) y luego estudiar la teoría general de unicidad del IE (que en este caso es la alternativa de Fredholm) para concluir que no se ha pasado por alto ninguna solución irregular.