La fórmula $\lim_i \mathscr A(Di,a) \cong\mathscr A(\text{colim}_i\, Di,a)$ es correcta. De hecho, es simplemente una reformulación de la propiedad universal de los colímites. Primero note que el funtor $\mathcal A(-,a)$ es contravariante. Si tiene un cono colímite $\mu: D \Rightarrow l$ en $\mathcal A$, entonces este cono colímite es de hecho un cono límite en $\mathcal A^{op}$. Por lo tanto, la fórmula $\lim_i \mathscr A(Di,a) \cong\mathscr A(\text{colim}_i\, Di,a)$ dice que $\mathcal A(-,a)$ preserva límites. El cambio de colímites a límites se debe a que nos gusta denotar flechas en $\mathcal A^{op}$ por las flechas correspondientes en $\mathcal A$. A menudo no nos comprometemos completamente con la categoría opuesta cuando trabajamos en $\mathcal A$, porque complicaría las cosas más de lo necesario. Simplemente decimos, oh, esa variable es contravariante, esa es covariante. Creo que ahí radica tu confusión. Si quieres ser preciso, necesitas considerar $D$ como el funtor $D: I^{op} \to \mathcal A^{op}$.
A continuación te daré una intuición sobre por qué la fórmula debería ser verdadera. Aquí hay una heurística que funciona en muchas categorías concretas: Dar un elemento en un límite $x\in \lim_i Di$ es lo mismo que dar elementos $x_i\in Di$ de cada objeto $Di$ de modo que se cumplan una serie de ecuaciones, una por cada flecha en la categoría $I$. Esto ciertamente es cierto en $\mathbf{Set}$. Por lo tanto, un elemento $f\in \lim_i\mathcal A(Di,a)$ es lo mismo que una colección de elementos $f_i \in \mathcal A(Di,a)$ de modo que se cumplan una serie de ecuaciones. Estas son precisamente las ecuaciones que deben cumplirse para que $(f_i)$ sea un cocono bajo $D$. Entonces, un elemento de $\lim_i\mathcal A(Di,a)$ es, de forma natural, lo mismo que un cocono bajo $D$. El siguiente paso es claro. La propiedad universal de los colímites establece que un cocono bajo $D$ con vértice $a$ es lo mismo que una flecha $\text{colim} D \to a$. Por lo tanto, un elemento de $\lim_i\mathcal A(Di,a)$ es lo mismo que un elemento de $\mathcal A(\text{colim} D,a)$. Esta es la biyección que estábamos buscando.
La explicación es más larga de lo que pretendía. Aquí está el punto principal: La isomorfía $\lim_i \mathscr A(Di,a) \cong\mathscr A(\text{colim}_i\, Di,a)$ hace precisa la heurística de que un mapa fuera de $\text{colim} D$ es lo mismo que un montón de mapas fuera de los componentes $Di$ que satisfacen ciertas ecuaciones. Adicionalmente: El siguiente hecho debería ahora no ser sorprendente. Si un cocono $\mu: D\Rightarrow l$ es mapeado a conos límite en $\textbf{Set}$ por todos los funtores contravariantes $\mathcal A(-,a)$, entonces es un colímite. La premisa simplemente significa que $\mu$ satisface la propiedad definitoria de un colímite para todos $a$.