Espero que la imagen ayude porque de lo contrario no estoy seguro de cómo explicar esto sin un apoyo visual.
En la parte superior de la imagen tenemos un rombo ABCD que, visto desde arriba, se parece a la imagen de la parte inferior de la figura. El punto que corresponde al centro del tronco es C.
Ahora viene la parte difícil, que requiere visualizar el proceso. Imaginemos que podemos levantar el punto A sobre una recta que es ortogonal sobre el plano inicial del rombo. La forma ABCD sigue siendo un rombo si los puntos B y C también se levantan en consecuencia.
Mediante este proceso, tenemos que elevar el punto A de forma que la nueva forma descrita por los puntos desplazados A'B'CD' (C permanece fijo) se convierta en un cuadrado, lo que equivale a tener A'C=B'D' (¡después del desplazamiento de los puntos!)
Con esta información podemos calcular el ángulo $\theta$ entre el ahora cuadrado y el plano inicial mediante
$$\cos(\theta) = \frac{AC}{A'C} = \frac{AC}{BD}.$$
Esta fórmula se aplica en el triángulo resultante ACA'.
Ahora tenemos que relacionar la fórmula de este ángulo con la geometría del tronco. Una vista superior del tronco con el cubo insertado en él se parecería a la siguiente imagen, donde el punto C está en la superficie plana superior o inferior del tronco.
Desde esta perspectiva, debe quedar claro que durante el desplazamiento mencionado anteriormente es cierto que BD=B'D'. Pero BD es la arista de un triángulo equilátero, y DC es el radio $r$ del cilindro. Así que a partir de este punto se puede calcular el radio conociendo la arista del triángulo lo que da
$$r = DC = BD \frac{\sqrt{3}}{3}.$$
Esto relaciona el radio del tronco con el ángulo $\theta$ a través de BD.
El último paso consiste en relacionar la altura del tronco con el ángulo. Esto se consigue fácilmente observando que la altura debe ser
$$h = l_{cube} \sqrt{3}$$
donde $l_{cube}$ es la longitud de la arista del cubo. A partir de la fórmula anterior
$$\cos(\theta) = \frac{AC}{BD} = \frac{r}{l_{cube}\sqrt{2}}$$
que da
$$r = \frac{\sqrt{2}}{3}h.$$
Ahora, para ponerlo todo en términos de la forma del tronco, el ángulo en el que hay que hacer los cortes es
$$\theta = \arccos(\frac{1}{\sqrt{3}}) \approx 54.73^o$$
y la goemetría del tronco tiene que satisfacer la condición
$$r = \frac{\sqrt{2}}{3}h.$$
Supongo que la dirección de los cortes no es un problema para usted. Para otros sin embargo, se puede marcar el centro de una superficie plana del tronco y luego dibujar 3 segmentos que tienen un $120^o$ entre ellos. A continuación, los cortes deben realizarse en el ángulo mencionado, siendo la línea trazada ortogonal a la intersección del plano de corte y la superficie plana.
EDIT: Corrección aplicada a partir del comentario de Joshua Wang. Gracias.