¿Cómo escribo un archivo CIF, PDB o XYZ válido a partir de las coordenadas indicadas a continuación?

Question

Quiero crear un archivo molecular 3D utilizando coordenadas tomadas de:

• Hrynchuk, RJ; Barton, RJ; Robertson, BE (1983). " La estructura cristalina de la cocaína base libre, C17H21NO4 "(PDF). Revista Canadiense de Química 61 (3): 481-487. doi: 10.1139/v83-085 .

Aquí están las coordenadas:

              X             Y            Z
C(1)          0.5419        0.1631       0.7095
C(2)          0.4579        0.2047       0.5345
C(3)          0.3080        0.1713       0.5168
C(4)          0.2903        0.0286       0.5727
C(5)          0.3950        0.0004       0.7409
C(6)          0.3870        0.1080       0.8678
C(7)          0.4858        0.2192       0.8450
C(8)          0.1028        0.2512       0.3219
C(9)          0.0323        0.2713       0.1411
C(10)         0.0857        0.2213       0.0238
C(11)         0.0189        0.2435       -0.1419
C(12)        -0.0995        0.3166        -0.1875
C(13)        -0.1528        0.3671      -0.0719
C(14)        -0.0880        0.3462      0.0951
C(15)         0.5172        0.1331      0.4127
C(16)         0.7261        0.1009      0.3465
C(17)         0.6418        -0.0439     0.8543

N(1)          0.5324        0.0158      0.7182

O(1)          0.2257        0.1933      0.3470
O(2)          0.0560        0.2836      0.4306
O(3)          0.4616        0.0531      0.3097
O(4)          0.6481        0.1713      0.4393

H(1)          0.6210        0.1840      0.7230
H(2)          0.4640        0.2980      0.5170
H(3)          0.2820        0.2340      0.5830
H(4)          0.1930        0.0110      0.5730
H(5)          0.3050        -0.0240     0.4930
H(6)          0.3850        -0.0960     0.7770
H(7)          0.4090        0.0810      0.9760
H(8)          0.2870        0.1410      0.8610
H(9)          0.4440        0.3140      0.8150
H(10)         0.5560        0.2330      0.9400
H(11)         0.1580        0.1680      0.0530
H(12)         0.0640        0.2050      -0.2240
H(13)         -0.1470        0.3330      -0.3060
H(14)         -0.2320        0.4140      -0.103
H(15)         -0.1280        0.3810      0.186
H(16)         0.7330        0.0190      0.3810
H(17)         0.8130        0.1470      0.3710
H(18)         0.6990        0.1060      0.2370
H(19)         0.7250        -0.0340      0.836
H(20)         0.6470        -0.0070      0.961
H(21)         0.6230        -0.1410      0.861

Convirtiendo esto a coordenadas XYZ, es decir a:

43
Cocaine 1983
C          0.5419        0.1631       0.7095
C          0.4579        0.2047       0.5345
C          0.3080        0.1713       0.5168
C          0.2903        0.0286       0.5727
C          0.3950        0.0004       0.7409
C          0.3870        0.1080       0.8678
C          0.4858        0.2192       0.8450
C          0.1028        0.2512       0.3219
C          0.0323        0.2713       0.1411
C          0.0857        0.2213       0.0238
C          0.0189        0.2435       -0.1419
C         -0.0995        0.3166        -0.1875
C         -0.1528        0.3671      -0.0719
C         -0.0880        0.3462      0.0951
C          0.5172        0.1331      0.4127
C          0.7261        0.1009      0.3465
C          0.6418        -0.0439     0.8543
N          0.5324        0.0158      0.7182
O          0.2257        0.1933      0.3470
O          0.0560        0.2836      0.4306
O          0.4616        0.0531      0.3097
O          0.6481        0.1713      0.4393
H          0.6210        0.1840      0.7230
H          0.4640        0.2980      0.5170
H          0.2820        0.2340      0.5830
H          0.1930        0.0110      0.5730
H          0.3050        -0.0240     0.4930
H          0.3850        -0.0960     0.7770
H          0.4090        0.0810      0.9760
H          0.2870        0.1410      0.8610
H          0.4440        0.3140      0.8150
H          0.5560        0.2330      0.9400
H          0.1580        0.1680      0.0530
H          0.0640        0.2050      -0.2240
H          -0.1470        0.3330      -0.3060
H          -0.2320        0.4140      -0.103
H          -0.1280        0.3810      0.186
H          0.7330        0.0190      0.3810
H          0.8130        0.1470      0.3710
H          0.6990        0.1060      0.2370
H          0.7250        -0.0340      0.836
H          0.6470        -0.0070      0.961
H          0.6230        -0.1410      0.861

Al abrirlo con Accelrys se obtiene esta estructura. http://i.imgur.com/7paFRgE.png

Answer 1

En general, babel del Paquete Openbabel convertirá los formatos de los archivos químicos. La wiki de openbabel tiene un página con ejemplos de entrada en formato de coordenadas fraccionarias de forma libre, y el resumen del artículo tiene las dimensiones de la celda unitaria.

Los ficheros CIF individuales pueden solicitarse a Centro de Datos Cristalográficos de Cambridge .